学习笔记430—fMRI数据处理

发布时间 2023-10-24 10:03:49作者: 何弈

产生的一系列文件中:

https://www.bilibili.com/video/BV1U5411s7kg?p=3   严老师视频

(1)头动矫正  其中FD_Jenkinson最好

 

 下面这个是很早以前用来排除被试的,现在不用了,现在都用meanFD排除

 

 HeadMotion.tsv: 显示最大或平均头动,mean FD,...一般使用 mean FD后面做统计分析

 

(2)Reonent Fun和Reonent T1用于质量控制,调整位置到前联合(空间的原点)     自己可以打分

 (3)AutoMask

有的被试被扫的面积没有覆盖到全脑,用来检验盖住的多少,

 (4)T1 DICOM to NIFTI:

dicom的结构像转成nifti

(5)Bet: 结构像和功能像配准之前去除头皮干扰

 具体步骤:先bet去除头皮干扰,然后结构像去配准功能像,后再应用到之前未去头皮的结构像,再去segment分割(带着头皮分割效果好,bet也有可能损伤)

(6)T1 Coreg Fun:结构像配到功能像空间

(7)segment:把大脑的结构像分割成灰质、白质和脑脊液,是老的segment不用

用new segment+DARTEL:  36min

segment生成的结果:

(8)Nuisance Covariates Regression:去除噪声

         Polynomial trend:1 去除线性漂移

         Head Motion model: 用Friston 24 做头动矫正

          。。。

(9)Normalize 空间配准

        意义:将很多被试者的大脑配到一个标准的模板上面,才能对相同的东西进行比较,如pcc

       方法:1.EPI模板 2.T1先对T1分割成白质灰质脑脊液,再用到功能图像上去 3.DARTEL:用的最多

                   45min DARTEL:基于分割结果,基于100个被试的group  ,,再把这个模板配到MNI空间    费时。。

       smooth:提高配准效果    注:计算reho、degree前不要用smooth!

       Default mask:基于脑内的体素进行

至此,所有的预处理步骤选择完毕!!!  (只进行预处理的话,下面所有的一切全都不用选了)

参考链接:https://www.cnblogs.com/Hello-Vivi/p/16001978.html