1.ORM 考虑
SpringData JPA
只是接口，一种规范，具体的实现还是ORM做的
Hibernate
是完备的 ORM 框架，是符合 JPA 规范的，Hibernate 使用 JPA 就可以无需考虑数据库的兼容性问题。
MyBatis
不完备的ORM框架，比单纯写 JDBC 肯定是方便一点，但无可避免还是要写SQL，且无法做到跨数据库 。
注：使用 Hibernate 的一个难点是，如何来设计对象之间的关系。如果是关系型数据库的话，表和表是通过外键来进行关联的。而在 ORM 中，则需要从面向对象的角度出发，来设计对象之间的关联关系。这个是需要思路上做一个转变的。
2.业务查询的区别
Spring Data JPA
有基础的接口api ，可使用内置的增删改查方法
Hibernate
有基础的查询方法，也可以根据具体的业务编写自定义的SQL
Mybatis
需要手动写SQL，支持注解及xml的形式
3.可拓展性
Spring Data JPA
通过命名规范查询、注解查询规范数据类型,无需关心数据库的差异。（注：但是通过本地化SQL查询的话，就不易扩展）
Hibernate
与数据库具体的关联都在XML中，不用关心数据库类型。
Mybatis
所有SQL都是依赖数据库书写的，所以扩展性，迁移性比较差
4.对缓存
Spring Data JPA
可以通过自己的缓存或第三方缓存
Hibernate
Hibernate有三级缓存，而二级缓存是在SessionFactory生成的配置文件中配置，然后再在具体的表-对象映射中配置其缓存类型
Mybatis
具有二级缓存，二级缓存在每个具体的表-对象映射中配置，针对不同的表可以自定义不同的缓存机制。可通过Cache-ref实现在命名空间中共享相同的缓存配置和实例
注：Hibernate和Mybatis的二级缓存也可以通过实现你自己的缓存或其他第三方缓存方案，创建适配器来完全覆盖其原缓存
5.难度性
Spring Data JPA
易上手，通过命名规范、注解查询简化查询操作。
Hibernate
开发难度要大于Mybatis、Spring Data。主要是由于Hibernate封装了完整的对象关系映射机制,以至于内部的实现比较复杂、庞大，学习周期较长。
Mybatis
主要依赖于SQL的编写与ResultMap的映射。
总述
Spring Data JPA
极大的简化了数据库访问，可以通过命名规范、注解的方式较快的编写SQL。
Mybatis
学习门槛低，简单易学，程序员直接编写原生态sql，可严格控制sql执行性能，灵活度高，非常适合对关系数据模型要求不高的软件开发，例如互联网软件、企业运营类软件等，因为这类软件需求变化频繁，一但需求变化要求成果输出迅速。但是灵活的前提是mybatis无法做到数据库无关性，如果需要实现支持多种数据库的软件则需要自定义多套sql映射文件，工作量大。
Hibernate
对象/关系映射能力强，数据库无关性好，对于关系模型要求高的软件（例如需求固定的定制化软件）如果用hibernate开发可以节省很多代码，提高效率。但是Hibernate的缺点是学习门槛高，要精通门槛更高，而且怎么设计O/R映射，在性能和对象模型之间如何权衡，以及怎样用好Hibernate需要具有很强的经验和能力才行。