基因芯片数据分析通常包括以下程序：
1. 数据预处理：对原始芯片数据进行质控、去噪和归一化处理，确保数据的准确性和可比性。
2. 差异表达分析：通过比较不同条件下的基因表达水平，找出在不同条件下显著差异表达的基因。
3. 功能富集分析：将差异表达的基因进行功能注释和分类，然后使用统计方法判断哪些功能或通路在差异表达基因集中过表示。
4. 生物网络分析：构建基因调控网络或蛋白质相互作用网络，探索差异表达基因之间的关系和调控机制。
5. 基因表达模式分析：使用聚类、主成分分析等方法，将基因按照表达模式进行分类，寻找共同调控的基因群。
6. 生存分析：将差异表达基因与临床信息关联，评估其在预后和生存方面的重要性。
7. 动态表达分析：利用时间序列数据，探索基因在时间上的变化趋势，揭示基因调控的动态过程。
以上仅是基因芯片数据分析中的一些常见程序，具体分析流程可以根据具体研究问题和数据类型进行调整和扩展。