在一般工程中，通用的配置是开启时钟(RCC配置）、以及HAL初始化配置（SYS配置）。本文主要讲解SYS配置。
SYS配置页各配置项
CubeMX 中 SYS配置页如下：
Debug ：
默认是关闭的，如果不使用调试器关闭即可，即No Debug；
在STM32CubeMX的SYS选项栏中有SW和JTAG协议选项，用户可以根据需要选择相应的协议；
JTAG调试接口（JTAG-DP）需要5个引脚；CubeMX中可选择5pin或4pin的JTAG，5pin比4pin多了一个复位引脚。
SW调试接口（SW-DP）需要2个引脚。二者之间有复用引脚。SW调试端口采用同步串行协议：SWCLK引脚为从主机到从机的时钟信号；SWDIO为双向数据信号。
ST-Link采用的是SW调试接口，选择Serial Wire ；
J-Link采用的是JTAG调试接口，根据实际要求选择 JTAG(4pin) 或者 JTAG(5pin) ;
如果使用J-Link 但是采用SWD协议，也可以选择Trace Asynchronous Sw ；
Trace Asynchronous Sw 模式有时候也可以解决使用ST-Link 烧录之后无法烧录和调试的情况
为了避免一次烧录之后无法下一次烧录或者调试的情况， 推荐选择Serial Wire
如果在STM32CubeMX中选择SW协议，MDK 也必须 选择SW协议。JTAG协议配置也同理。否则会造成下载和调试失败。在实际项目中SW协议使用使用的比较多，速度更快，占用的引脚更少，推荐配置成SW协议，即Serial Wire模式；
System Wake-Up ：
设置低功耗模式下的自动唤醒功能，通过引脚PA0。
Timebase Source ：
一般指HAL的时基，即HAL库中的uwTick，用于实现HAL_Delay()以及作为各种timeout时钟的基准。一般情况下直接选择默认的Sys Tick（嘀嗒定时器）来维护SYS Timebase Source即可，即直接放在SysTick_Handler()中断服务函数中，也就是下面的HAL_IncTick()函数。
ＭDK中对应的调试设置
在魔术棒设置界面，进入（1）Debug界面，在（2）位置选择自己使用的下载器，然后进入（3）Settings界面；
在Settings界面 ，根据之前在STM32CubeMx里面SYS设置的，进行选择这里使用的SW还是JTAG协议；
注意STM32CubeMx 和 MKD 里面协议要一致，否则无法进行调试
补充
单片机的三种烧录模式
ICP：使用SWD接口进行烧录，如J-Link烧录器和J-Flash软件配合使用。
ISP：使用引导程序（Bootload）加上外围UART/USB等接口进行烧录。
IAP：软件自身实现在线电擦除和编程的方法，不使用任何工具。程序通常分成两块，分别为引导程序和应用程序。
CubeMX代码生成器配置
Copy all used libraries into the project folder
将HAL库的所有.C和.H都复制到所建工程中
优点：这样如果后续需要新增其他外设又可能不再用STM32CubeMX的时候便会很方便
缺点： 体积大，编译时间相比于其他选项非常长
Copy only the necessary library files
只复制所需要的.C和.H
优点：体积相对小，编译时间短，并且工程可复制拷贝
缺点： 新增外设时需要重新用STM32CubeMX导入
Add necessary library files as reference in the toolchain project configuration file
不复制文件，直接从软件包存放位置导入.C和.H
优点：体积小，比较节约硬盘空间
缺点： 复制到其他电脑上或者软件包位置改变，就需要修改相对应的路径
根据自己需求选择就行，一般来说第一个和第二个都行；
参考：CSDN博主「Dir_xr」原文链接：https://blog.csdn.net/Dir_x/article/details/128846252