1) 事务支持 MyISAM不支持事务，而InnoDB支持。InnoDB的AUTOCOMMIT默认是打开的，即每条SQL语句会默认被封装成一个事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好是把多条SQL语句显示放在begin和commit之间，组成一个事务去提交
2) 存储结构 MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。 InnoDB：两个文件，表定义和数据文件（数据即索引）
3) 事务支持 MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。 InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。 具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。
4) 表锁差异 MyISAM：只支持表级锁 InnoDB：支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。
5) 全文索引 MyISAM：支持(FULLTEXT类型的)全文索引 InnoDB：不支持(FULLTEXT类型的)全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
另外，MyIsam索引和数据分离，InnoDB在一起，MyIsam天生非聚簇索引，最多有一个unique的性质，InnoDB的数据文件本身就是主键索引文件，这样的索引被称为“聚簇索引”