8.29
流程：使用Trimommatic 软件进行过滤，bwa构建参考基因组索引，bwa mem算法比对失败（sam文件无内容）
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'[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs'：BWA在加载参考基因组索引时，未读取到任何备选（ALT）的contigs。这可能意味着你的参考基因组没有额外的备选序列，只有主要序列。
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'[W::bseq_read] the 2nd file has fewer sequences.'：第2个文件（输入的反向读文件）比第1个文件（输入的前向读文件）包含更少的序列。这可能是因为两个输入文件中的读没有正确配对。
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'[M::mem_pestat] # candidate unique pairs for (FF, FR, RF, RR): (4, 7, 2, 1)'：对于前向-前向（FF）、前向-反向（FR）、反向-前向（RF）和反向-反向（RR）的读配对，存在的可能唯一配对数目是(4, 7, 2, 1)。这些数字表示在读配对中，按照给定的配对方向（前向或反向）进行了计数。
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'[mem_sam_pe] paired reads have different names: "SRR6023854.2", "SRR6023854.166"'：部分读对的名字不相同，例如"SRR6023854.2"与"SRR6023854.166"。BWA期望读对的名称完全匹配，所以这些不同的名称可能会导致读对无法正确配对。
注：备选ALT
理解双末端测序原理
理解参考基因组
理解bwa比对原理（目前只研究过BWT算法）
1.考虑bwa文件不适合比对转录组，市面上的软件通常使用tophat,hisat,hisat2,STAR等
2.推荐哈佛大学生物信息学课程，讲的很简洁很全面
3.了解RNA-Seq技术栈，这是一个完整的体系