主要原因有三点：
1）、查询时，由于innodb支持事务，所以会有mvvc(多版本并发控制)的一个比较，这个过程会损耗性能。
2）、查询时，如果走了索引，而索引又不是主键索引，此时由于innodb是聚簇索引，会有一个回表的过程，即：先去非聚簇索引树（非主键索引树）中查询数据，找到数据对应的key之后，再通过key回表到聚簇索引树，最后找到需要的数据。而myisam是非聚集索引，而且叶子节点存储的是磁盘地址，所以，查询的时候查到的最后结果不是聚簇索引树的key，而是会直接去查询磁盘。
3）、锁的一个损耗，innodb锁支持行锁，在检查锁的时候不仅检查表锁，还要看行锁。