Day1

古生代寒武纪 542Mya，中生代三叠纪 251Mya，新生代第三纪 65.5Mya，更新世 2.56Mya。元古代 出现了腔肠动物、环节动物、节肢动物。菊石 从泥盆纪到白垩纪。有翅昆虫 的早期进化在石炭纪。最早的 陆地 维管植物和节肢动物出现在志留纪。肉鳍鱼类 出现于泥盆纪。

人属之前。人类和黑猩猩在5-6Mya分开。被广泛认可的人科化石南方古猿阿法种和南方古猿湖畔种。下面部向前突出，双足行走。直立行走 可能是 最先 进化出来的人类的标志性特征。粗壮型和非洲型脑容量大，臼齿和前臼齿发达，并非人类的祖先。

人属。人属最早的化石是 能人，大约1.9-1.5Mya。标志是使用 石器【奥杜威技术】以及处理过的骨头。直立人，1.6Mya-200kya。火 已经被广泛使用。尼安德特人，脑容量和我们一样，完全可以直立行走，具有仪式葬礼等复杂文化。现代智人最先出现在非洲，170kya。

寒武纪。首次出现了 腕足动物、节肢动物、软体动物、棘皮动物。早寒武纪的 海口鱼 已经出现有眼、鳃囊、脊索、分节肌肉。动物和领鞭毛虫的关系最近。

奥陶纪到泥盆纪。许多动物门在奥陶纪发生了多样化，产生了很多新的纲和目。大型捕食者主要是海星和鹦鹉螺。奥陶纪结束是第二 大灭绝 事件。最早的有颌类出现在志留纪。泥盆纪 被称为 鱼类时代。最早的陆地生物 是 奥陶纪 类似 苔藓 的植物。最早的 陆生节肢动物 出现在志留纪。最早的 陆生脊椎动物 是肉鳍鱼类，在晚泥盆纪出现。

石炭纪和二叠纪。种子植物开始多样化。最早的有翅昆虫 出现在石炭纪。四足动物 的多样化出现在石炭纪。石炭螈演化出最早的 羊膜类。下孔类包括了 哺乳动物 的祖先。二叠纪陆地合并成为泛大陆。二叠纪末期的灭绝是地球历史上 最大灭绝 事件。

中生代。被称为爬行动物纪元。中生代海洋革命。泛大陆分裂为劳亚古陆和冈瓦纳古陆。三叠纪末期出现一次大灭绝事件，捕食现象开始增多。白垩纪末期最有名的大灭绝【K/T大灭绝】。被子植物可能起源于晚侏罗纪。双孔类称为最多样的类群。恐龙从主龙演化而来。早白垩纪产生了有袋类和 有胎盘类。

新生代。白令陆桥大多在海面以上。冈瓦纳古陆破碎。上新世巴拿马地峡出现，南北美洲连接。

更新世。至少有四次大规模冰川出现。最近的冰期出现在 20kya。消融于 8-15kya。海平面下降100m。全球气候在冰期普遍干燥。海平面上升时，被隔离的种群将会发生分化。许多浅海的无脊椎动物都灭绝了，尤其是热带。大型哺乳动物和鸟类的灭绝比例非常高。

拉马克学说：认为物种 分别 从非生命产生；神经液；获得性状遗传；提出完整进化论的第一人。

达尔文学说：两大主题——带有改变的传承和自然选择。五个部分——进化本身；共同祖先；渐变论；种群变化；自然选择。

进化主要有前进进化和分支进化。分支的前进进化叫做 分歧进化。

n个物种可以构建 (2n-5)!! 个无根树，(2n-3)!!个有根树。

分类群中的相似性可能来自于祖征、衍征和非同源相似【同塑性】。只有共衍征才能构成进化支的证据。

基因树不一定就是物种树。有可能来自于 水平基因转移 和 不完全谱系分选 等。不完全谱系分选的本质就是祖先多态性发生在物种发生之前。

异位发生：如鱿鱼发光器官的小晶状体；植物的气生根、不定根；籽骨和熊猫的第六个手指。

DNA总量-C值悖论。基因数-N值悖论。

趋同演化同样可以见于 分子水平。比如回声定位的动物大多有快蛋白的趋同演化。

散布还是隔离分化？如果一个地区有高度不平衡的生物群，则通常认为其来自于 散布。DIVA分析假设物种形成和地理隔离同时发生。DEC分析 运用了最大似然法。

溯祖。种群中所有基因拷贝归根结底都来自于唯一的一个共同祖先基因拷贝。也就是被固定了。一个基因被固定的概率等于它本身的初始频率。线粒体夏娃不代表那个时期种群中只有一个女性，而是碰巧是当时很多女性中的一个。

核酸变性因素：高温、碱性pH，低离子强度，有机溶剂（甲酰胺、甲醛、甲醇、乙醇、尿素）

只要含有游离氨基和羧基的物质都可以发生茚三酮反应，如PS。环肽不能。

氨基酸的氨基可以和甲醛在有硼氢化钠类还原剂存在的条件下发生还原胺化反应，在氨基上上一个甲基。这是在氨基上定量甲基化的重要方法。

Arg的胍基——坂口试剂【alpha萘酚、次溴酸钠】——桃红色。【关于alpha-萘酚：其不仅参与了坂口试剂用于测定精氨酸；还参与了：1.Molisch反应用于检测碳水化合物的存在；2.Rapid furfural test用于检测果糖的存在；3.VP测试表明葡萄糖分解为3-羟基丁酮。】

His的咪唑基——Pauly试剂【重氮苯磺酸】——樱红色物质

Tyr的酚羟基——Pauly试剂——桔黄色物质【HPY】

R基具有手性C的氨基酸是Ile和Thr。

泛醌也存在于其他的生物膜上作为抗氧化剂。

铁硫蛋白含有非血红素铁 和 对酸不稳定的无机S。有3类：Fe,Fe2S2,Fe4S4。可以作为顺乌头酸酶、固氮酶的 辅因子。

酵母细胞中，去往内质网的途径可以是翻译后途径。

蛋白质向线粒体的运输需要TIM,TOM复合物。在细胞质和线粒体基质都有Hsp70维持蛋白质的未折叠状态。

• 向线粒体基质——基质靶向序列
• 向线粒体内膜——1.基质靶向序列+STA、2.基质靶向序列+Oxa1靶向序列、3.多个内在靶向序列
• 向线粒体膜间隙——1.基质靶向序列+膜间隙靶向序列、2.膜间隙靶向序列

蛋白质向叶绿体的运输需要TIC,TOC。在细胞质有Hsp70维持解折叠状态。

• 向叶绿体基质——叶绿体基质靶向序列。叶绿体基质靶向序列被叶绿体基质蛋白酶切除。
• 向类囊体——有叶绿体基质靶向序列+膜间隙靶向序列。叶绿体基质靶向序列被叶绿体基质蛋白酶切除。类囊体靶向序列后来也切除。
  1. 叶绿体SRP依赖途径：非折叠输入，如质体蓝素。
  2. pH依赖途径——折叠后输入。如金属结合蛋白。

三种包被膜泡：

• COP II——Sec,Sar1。顺向运输。
• COP I——COP,ARF。逆向运输。
• 网格蛋白/接头蛋白——Clathrin，ARF。【需要注意的是从细胞膜到内体不需要ARF。】
• Retromer。

膜泡的包被和脱包被需要小分子GTPase作为分子开关。质溶的Sar-GDP被GEF活化为膜溶的Sar1-GTP，从而结合到内质网膜上，开启对COPII装配的募集作用。包被完成以后，Sar1-GTP水解释放，引起包被解聚。【膜泡还在，只是包被解聚】ARF-GDP/GTP也介导对COP I和网格蛋白/接头蛋白的装配和解聚。

Rab参与转运膜泡的锚定。SNARE参与转运膜泡的融合。V和T-SNARE的结合具有选择性。NSF催化ATP水解，驱动SNARE复合体 解离。

线粒体融合和线粒体外膜的GTPase Fzo有关。线粒体分裂和GTPase发动蛋白有关。【类似网格蛋白膜泡的断裂】

呼吸链抑制物：复合物I——鱼藤酮、巴比妥酸。复合物II——TTFA。复合物III【细胞色素c氧化还原酶】——抗霉素A【AA】。复合物IV——CO,CN-,N3-【通过和Fe结合】。F型质子泵——寡霉素，DCCD。

参与线粒体电子传递链的电子载体有五种——黄素蛋白，细胞色素，泛醌、铁硫蛋白、铜原子。

叶绿体在幼叶中分裂，依靠发动蛋白相关蛋白。在成熟叶肉细胞中不分裂也不融合。传递信息通过内外膜延伸形成的基质小管。

1个电子——2个光子。1对电子——Cytb6f传递使得4个质子跨膜。1O2——4e-——8Cytb6f+4水光解=12H+进入类囊体。循环光合磷酸化由PSI单独完成，只有ATP产生，不伴随NADPH的产生和O2的释放，用来调整ATP/NADPH碳同化3/2的比例

ATP和 肌球蛋白 结合和微丝 解离【尸僵】，ATP和 驱动蛋白 结合和微管 结合。

抑制剂。细胞松弛素抑制微丝聚合，鬼笔环肽抑制微丝解聚【可以用来染色微丝】。秋水仙碱、诺考达唑阻止微管形成。紫杉醇抑制微管解聚。

应力纤维外连黏着斑。

原核生物中肌动蛋白的类似物是Mreb,Mbl。微管蛋白的类似物是FtsZ。

微丝结合蛋白。

• 肌动蛋白单体结合蛋白——胸腺素【都抑制】、前纤维蛋白【抑制负端】。

• 成核蛋白——Arp2/3，形成蛋白。

• 加帽蛋白——Arp2/3，原肌球调节蛋白【负极】；CapZ，凝溶胶蛋白【正极】。

  +	-
  Arp2/3，原肌球调节蛋白	CapZ，凝溶胶蛋白

• 交联蛋白——成束蛋白【丝束蛋白-丝足，同向平行。绒毛蛋白-微绒毛。alpha-辅肌动蛋白——应力纤维，反向平行。】；凝胶形成蛋白【细丝蛋白——片足。血影蛋白——细胞皮层】

  成束蛋白	凝胶形成蛋白
  丝束蛋白、绒毛蛋白、alpha-actinin【应力纤维】	细丝蛋白【片足】、血影蛋白【细胞皮层

• 割断和解聚蛋白——凝溶胶蛋白切断MF，丝切蛋白解聚MF。

肌球蛋白II：肌丝、胞质收缩环、应力纤维。肌球蛋白V：膜泡和细胞器运输。肌球蛋白I：连接膜脂和微丝，胞吞作用。肌球蛋白VI从正向负运动。其余从负向正运动。

膜泡或者膜性细胞器的运输：长距离靠微管，细胞皮层、生长锥、花粉管 依靠 微丝。

MTOC 微管组织中心 包括 中心体、基体、上皮细胞顶端面、高尔基体TGN。微管结合蛋白MAP包括MAP2【神经元胞体和树突】，tau【神经元轴突】。

驱动蛋白1-12从负向正，驱动蛋白13结合在正极或者负极促进解聚，驱动蛋白14从正向负。

Ran-GTP在核内，Ran-GDP在质内，携带蛋白出入细胞核。

H3K9甲基化使得异染色质蛋白HP1和染色质结合。HP1多聚化使得染色质浓缩成为异染色质。

核小体变构因子SWI/SNF活化染色质。

着丝粒包括动粒结构域、中央结构域、配对结构域。动粒结构域中的 纤维冠 由微管蛋白构成。中央结构域 由 alpha-卫星DNA组成【结合 CENP-A=组蛋白H3的变体】。

核仁结构可以分为纤维中心【rDNA储存】，致密纤维组分【电子密度最大，rRNA转录】，颗粒组分【核糖体亚基加工成熟】。

PH结构域 结合PIP2。SH2结构域 结合磷酸化的Tyr。

酶联受体分为RTK和细胞因子受体。RTK-Grb2-Sos-Ras-MAPK。细胞因子受体-Jak-STAT。TGF-beta受体是受体丝苏氨酸激酶。

PKB(Akt)的活化过程。PI3K产生膜上大量的PIP3，胞质的Akt通过PH结构域和膜上的PIP3结合。先贴膜再下膜。Akt被PDK1和PDK2【mTOR】磷酸化之后进入细胞质或细胞核。

Wnt 激活Fz/LRP 避免 beta-catenin被泛素化降解。Hh和Prc结合，通过Smo上膜，避免 Ci 被泛素化降解。细胞因子和受体结合，IκB泛素化降解，NFκB入核。Delta和Notch结合，Notch被ADAM和gama分泌酶先后 切割，NICD入核。

细胞周期同步化的方法。DNA合成阻断法【TdR或者HU】同步到S期。第一次加入时间满足t>G2+M+G1。第二次加入时间满足G2<t<S+G2+M。

酵母细胞周期的特点。全过程核膜 不崩解，纺锤体位于细胞核内。纺锤体组装在S期而不是M期中的前期。芽殖酵母不均等分裂，出芽代表S期开始。裂殖酵母均等分裂，起始点没有明显标志。

前中期完成纺锤体装配中心体列队。有丝分裂器=星体微管+动粒微管+极微管。

染色体整列 需要动粒微管的形成。需要CENP-A【组蛋白H3变体】，CENP-E【驱动蛋白】，Hec1【位于动粒外板】，Mad和Bud等到动粒微管和染色体结合就脱落。

APC在后期被Cdc20活化，降解securin，释放 分离酶，分离酶切割黏连蛋白。

【M-CDK】Cdk1活化首先需要CyclinB结合，然后需要Wee1激酶和CAK激酶磷酸化，再Cdc25去磷酸化。M-Cdk的活化存在 正反馈。

【APC】APC将CyclinB和CyclinA降解。APC依靠Cdc20和Cdh1识别底物。纺锤体组装检查点依靠Mad抑制Cdc20活性。APC的活化存在 负反馈。

CyclinA,B在N端含有 破坏框，可以被APC识别降解。CyclinD,E在C端含有 PEST序列，可以被F-box泛素化降解。

Mcm作为执照因子，本质上是DNA解旋酶。

对比：Cdc20是APC的底物识别因子；Cdc25——活化M-CDK的磷酸酶；Cdc6——协助Mcm上DNA的因子；Cdc42——Rho家族单体GTPase

Rb 磷酸化失活促使 S期。Rb,p53,p21都是 抑癌基因。

caspase3 通过破坏 iCAD 激活 CAD，切割DNA，电泳出现梯状条带。

Bcl抑制细胞凋亡。DISC：死亡诱导信号复合物【Fas+FADD+caspase8】。凋亡复合体【Cytc+Apaf1+caspase9+ATP】。

alpha-螺旋的n-O和n+4-H形成氢键。

蛋白质的水解：强酸 会破坏Trp,Ser,Thr,Tyr，并且酰胺 水解。强碱 会破坏大多数氨基酸并 消旋。酶水解有胰蛋白酶和胰凝乳蛋白酶。

碱性条件有利于碱基的互变异构。酸性条件有利于核苷的水解。嘌呤核苷更容易水解。

碱水解特指RNA 。

454 焦磷酸测序中 dATP-alpha-S 可以参入 DNA 中但不能引发荧光酶发光反应,dATP却可以。所以用 dATP-alpha-S 代替 dATP。

葡糖醛酸是6’-CH2OH变为6’-COOH。而葡糖胺、半乳糖胺、N-乙酰葡糖胺、N-乙酰半乳糖胺都是2’-OH变为2’-NH。

蔗糖Glc alpha(1-2)Fru beta。乳糖 Gal beta(1-4)Glc。【乳糖虽然是beta1-4糖苷键，但是是贮能多糖】。葡聚糖就是右旋糖酐。琼脂糖是杂多糖，被用来作为电泳介质。

鞘糖脂有 脑苷脂【-Gal，中性】、神经节苷脂【-NAM，酸性】。

活性中心 His>Cys>Asp>Arg>Glu。

酶的分类。包括氧化还原酶、转移酶、水解酶、裂合酶、异构酶、连接酶、转位酶。

丝氨酸蛋白酶 如 胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、凝血酶。巯基蛋白酶 如 caspase。天冬氨酸蛋白酶 如 胃蛋白酶、肾素。金属蛋白酶 如 胶原蛋白酶、ADAM。

伸展蛋白由酪氨酸交联。【而弹性蛋白通过赖氨酸交联】。

木本植物和C4植物的蒸腾系数分别小于草本植物和C3植物。

N的同化包括硝酸盐的代谢还原和铵的同化。硝酸盐的代谢还原：1.硝酸还原酶，NADH，发生在细胞质 2.亚硝酸还原酶，光合电子传递链中的Fd，发生在质体。铵的同化也发生在质体：1.谷氨酰胺合成酶，ATP 2.谷氨酸合酶，NADH/Fd。

叶绿素需要8个谷氨酸作为原料先形成原卟啉IX，和Mg++结合。若甲基被醛基取代则成为叶绿素b。此外合成过程中还需要Fe。

PSII的原初电子受体是Pheo。PSI的原初电子受体是A0。

C3途径的羧化阶段第一步：RuBP+CO2+H2O = 2 PGAld。C3途径产生的PGAld可以在叶绿体中形成淀粉【G1P,ADP-Glc】，也可以通过 磷酸/磷酸丙糖交换体 进入细胞质合成蔗糖【G6P,UDP-Glc】或者糖酵解。

C4反应也被称为Hatch-Slack途径。其中的 PEP羧化酶 和 丙酮酸磷酸双激酶 是植物特有的。而苹果酸酶和苹果酸脱氢酶均不仅限于植物中存在。

Pi激活PFK2。夜间Pi增多，通过PFK2，激活糖酵解，抑制蔗糖合成。

三大类次级代谢产物：萜类包括番茄红素、紫杉醇、橡胶、除虫菊。含氮次级化合物包括吗啡、奎宁、可卡因、烟碱、咖啡因。酚类包括鞣质。

主要的植物激素受体定位：质膜：BR,ABA。细胞质：ABA。ER：CTK，ETH【且都是RTK介导】。细胞核：GA，IAA。

IAA极性运输。AUX输入。PIN极性分布输出。ABCB非极性分布输出。输出均需要ATP。

赤霉素 诱导大麦糊粉层中的alpha-淀粉酶 从头合成。

黄化的幼苗微量乙烯处理具有 三重反应：下胚轴直径增加。茎伸长受到抑制。茎横向生长。

多数植物种子破除休眠用GA处理。但花生种子用ETH。

光敏色素反应包括极低辐照度反应VLFR【拟南芥种子的萌发】，低辐照度反应LFR【莴苣种子的萌发、叶子的运动】，高辐照度反应HIR【黄化苗的绿化，下胚轴的伸长，花色素的形成】。VLFR和HIR不可被远红光逆转。LFR可以。

隐花色素参与抑制茎伸长、幼苗的去黄化、光周期 调节开花、生物钟、花色素苷合成。

春化作用感受低温的是种子和幼苗。机理是FLC抑制开花。低温诱导VIN3通过FLC去抑制开花。

常见的长日植物：大豆、菊花、苍耳、晚稻、高粱、紫苏、麻、牵牛、烟草。常见的短日植物：麦、菜、天仙子、胡萝卜、芹菜、洋葱、金光菊。

油料种子成熟过程初期酸价先升高后降低。

跃变型果实包括梨子、桃子、苹果、香蕉、李子、杏子、芒果、番茄、西瓜、哈密瓜、白兰瓜。非跃变型果实包括草莓、柠檬、橙子、葡萄、柚子、柑橘、樱桃、黄瓜。

渗透调节甜菜碱【季铵碱】、脯氨酸、山梨醇、蔗糖、甘露醇。

羟基化、二硫键、GPI锚定在 ER 进行，而硫酸化在 TGN 进行，M6P 在 CGN 进行。

回复突变是真正的回复突变还是抑制突变？