在本地使用blastn做序列比对时，若序列长度太短，比如长度不足30bp，是不会有任何比对结果输出的，之前也遇到过这个问题。今天逛论坛看到了，解决办法是指定参数-task，执行网页blast模式,亲测可用。
eg :
blastn -query test.fa -db db_blast -evalue 1e-6 -outfmt 6 -out blast.res -task blastn-short
短序列blastn空白输出问题
发布时间 2023-04-23 10:11:06作者: 天使不设防