宏基因组测序相比于16S rRNA基因测序技术有几个主要的优势：
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全面性：宏基因组测序提供了对整个微生物群落基因组的综合视角，而不仅限于16S rRNA基因。这意味着它能够捕捉到更广泛的微生物多样性，包括细菌、古菌、真菌以及病毒。
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功能信息：宏基因组测序不仅能够鉴定微生物群落中的物种，还能提供关于它们潜在功能的信息。这是因为它涵盖了微生物基因组中的所有基因，因此可以用于探究微生物群落的代谢途径和功能潜力。
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更高的精确度：宏基因组测序能够提供更深入的物种水平分辨率。与16S rRNA基因测序相比，它能更精确地鉴定微生物种类，甚至在一些情况下能达到属或种的级别。
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避免偏见：16S rRNA基因测序依赖于特定的引物来扩增微生物基因组中的一小段区域，这可能导致某些微生物被过度表示或者被忽略。宏基因组测序由于不依赖于特定的引物，因此可以减少这种偏见。
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新物种的发现：由于宏基因组测序能够检测到未知的基因序列，它有助于发现新的微生物物种和遗传元素，这在传统的16S rRNA基因测序中是困难的。
总的来说，宏基因组测序提供了一个更全面、深入和精确的了解微生物群落的方式，特别是在功能层面上，这对于理解微生物与植物之间的复杂相互作用尤为重要。