错误纠正操作的策略之一是基于第二代短读段的序列与长读段的比对。具体操作如下：
1. 压缩处理：在进行比对之前，对第二代短读段和第三代长读段进行压缩处理。压缩处理的目的是将多个相邻的相同碱基压缩成一个，以提高比对效率[7]。
2. 比对操作：将压缩后的第二代短读段与第三代长读段进行比对。比对的目的是找出两者之间的高准确度比对结果，以便进行纠错操作[7]。
3. 错误纠正：基于比对的结果，利用第二代短读段对第三代长读段进行错误纠正。具体操作包括插入和删除比对位点的搜索以及校正序列的寻找[5]。在错误纠正过程中，可以使用从两端向中间搜索的方式，找到碱基的插入和删除比对位置[5]。
综上所述，基于第二代短读段的序列与长读段的比对，错误纠正操作包括压缩处理、比对操作和错误纠正操作。这些操作可以帮助提高纠错的准确性和效率。