1. 在PDB文件中，ATOM模块是记录蛋白质分子中原子坐标信息的模块，每一行代表一个原子的坐标信息。
如下图所示是pdb文件的部分内容：
第一列：记录原子的标识号；第二列：原子序号；第三列：原子名称；第四列：残基名称；第五列：链ID；第六列：残基序号；第7-9列：原子坐标；第10列：occupancy，原子占位率；第11列：tempFactor，又称“b-factor”；第12列：原子的元素
2. 以色氨酸（W）残基为例解读每个原子的位置
以氨基酸骨架上的N原子（蓝色）为起始，与之相连的C原子定义为CA，与O原子相连的C定义为C，其他的C原子则根据与CA的距离分别定义为CB,CG,CD,CE,CZ,CH。