基因

易基因:人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 目前,六分之一的夫妇患有不孕不育,其中多达一半的病例由男性因素引起,在过去的40年中,精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少,但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
甲基 精子 基因 ChIP-seq 区域

16-有参转录组实战2-将批量转录组比对到基因组上

#1,我们先下载毛果杨的基因组文件和GFF注释文件,自己去NCBI下:(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000002775.5/),选Genbank的。 #2,我们将GFF文件和genomic.fna文件上传到服务器,并重命名下,Pt ......
基因组 基因 实战 16

易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制|研究速递

双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中,双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
甲基 基因 MeRIP-seq 细胞 角度

易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中, ......
甲基 基因 MeRIP-seq 细胞 角度

4-基因家族的系统进化树-基于Windows系统上的iqtree

如何构建系统进化树,使用的软件是iqtree,这是一个基于最大似然法估算的建树软件,可以在Windows系统上运行。 ......
系统 基因 家族 Windows iqtree

3-基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER

下面讲如何在windows系统上用HMMER做基因家族的鉴定: 1, 下载 我们电脑首先要有个迅雷,然后复制这个链接,用迅雷打开(http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip),下载到本地,解压。 2, 案例分析 HMME ......
基因 家族 Windows 系统 HMMER

2-基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast

下面讲如何在windows系统上用blast做基因家族的鉴定: 1,下载 在NCBI网站上下载blast工具“https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download” 点击进入ftp ......
基因 家族 windows 系统 blast

易基因:oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达|项目文章

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
甲基 基因 口腔 差异 项目

易基因:oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 近日,徐州市中心医院(徐州医科大学徐州临床学院)史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
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易基因:综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日,南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......

易基因:MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开,复杂程度不断提高,并按固定轨迹随时间进行。然而,调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中,这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中,通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
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T2T组装时代的多基因组比对MGA

多基因组比对 (multiple genome alignment, MGA)首先要定义多序列比对 (multiple sequence alignment, MSA)。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法(对于 2 个序列,使用“成对”而非“多个”),其中一组核苷酸是同源的,如果它们 ......
基因组 基因 时代 T2T MGA

哪个才是首个(中国)大豆的T2T基因组版本?

目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日,哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean ......
基因组 大豆 基因 版本 T2T

植物基因组学和作物改良中的深度学习

目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 ......
基因组 作物 基因 深度 植物

康奈尔大学生物信息中心主任关于基因组组装报告

Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任,长期以来从事生物信息学工作,在大数据的管理与分析上,特别是Genotype-By-Sequence (GBS),RNA-seq,ChIP-seq,small RNA,基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science,Cell,Nat ......
基因组 基因 主任 生物 报告

基因注释软件SNAP的安装

001、下载软件包: 官网:http://korflab.ucdavis.edu/software.html 002、下载安装包、及安装 wget -c http://korflab.ucdavis.edu/Software/snap-2013-11-29.tar.gz tar -xzf snap- ......
注释 基因 软件 SNAP

易基因:家禽中的DNA甲基化研究应用(繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等)

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂,用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日,华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
产蛋量 性状 家禽 甲基 基因

基因表达谱数据分析简介

基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术,它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。什么是基因表达谱数据分析?基因表达谱数据分析是一种研究基因表达模式的技术,它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况。它可以帮助科学家了解基因在不同情况下的表达情况,从而更好地理解基因如何影响生物体的 ......
数据分析 基因 简介 数据

宏基因组:KenKra2 注释”真菌“(自整理,详细,全网唯一 )

(Newbase) [wz@localhost ~]$ kraken2-build -h Usage: kraken2-build [task option] [options] Task options (exactly one must be selected): --download-taxo ......
基因组 真菌 全网 注释 基因

植物基因组学和作物改良中的深度学习

目录深度学习:概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异:从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0:编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步,其特点是高通量技术的爆炸式增长,以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是,基因组学 ......
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植物图形泛基因组Graph-based pan-genome

目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组(图泛)以节点和路径的 ......

公司在职第四党支部开展 “传承红色基因,发扬两弹精神”主题党日活动,金刚石刀具

成都工具研究所有限公司的前身是成都工具研究所,于1956年创建于北京,是原机械工业部的直属研究所,是我国机械工业的综合性工具科研机构。公司官网:http://www.ctri.com.cn/公司主要从事精密切削工具、精密测量仪器以及表面改性处理技术的技术研究、产品开发和应用服务。 2020年9月5日 ......
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易基因:RRBS等揭示DNA甲基化-肿瘤免疫逃逸-肾上腺皮质癌侵袭的相关性|表观研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 肾上腺皮质癌(Adrenocortical carcinoma,ACC)是一种罕见的侵袭性肾上腺内分泌癌。在肾上腺皮质癌中,最近研究表明以CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype,CIMP)为特 ......
表观 肾上腺 皮质 相关性 甲基

宏基因组测序流程及其分析步骤

测序样本信息:完成了70个根际土壤样本的宏基因组测序。 数据预处理: 使用KneadData工具进行质控和去宿主处理。 利用Trimmomatic去除接头序列并进行质量过滤。 使用Bowtie2构建宿主库和进行去宿主处理。 从头组装:采用MEGAHIT工具对原始测序数据进行从头组装,生成contig ......
基因组 基因 步骤 流程

基因组选择GS应用的四个场景

目录GS应用的四个场景情景1情景2情景3情景4 本文整理自Giovanny E Covarrubias Pazaran博士的报告《Genomic Selection in R》,他是国际水稻研究所植物育种和遗传学博士,具有强大的统计学背景以及具有从事育种计划和实践研究的丰富经验,是R和SAS等不同软 ......
基因组 基因 场景

根据Accession id下载NCBI基因组

usage: 脚本就不注释了,会perl的都看得懂;测试了下,速度感人OTZ,淦! #!/usr/bin/env perl use strict; use warnings; use Cwd qw/getcwd/; use Getopt::Long; use Net::FTP; use featur ......
基因组 基因 Accession NCBI

易基因:ChIP-seq等揭示BRWD3调控KDM5活性以维持H3K4甲基化水平的表观机制|PNAS

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白修饰对调控染色质结构和基因表达至关重要,组蛋白修饰失调可能导致疾病状态和癌症。染色质结合蛋白BRWD3(Bromodomain and WD repeat-containing protein 3)是Cul4-DDB1 E3泛素连 ......
表观 甲基 活性 基因 ChIP-seq

易基因: WGBS等从DNA甲基化揭示杀鲑气单胞菌灭活疫苗对大菱鲆的免疫力:抗性育种

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是表观遗传学中最重要的修饰之一,在免疫应答中发挥着重要作用。自引进大菱鲆(Scophthalmus maximus,商品名:多宝鱼)以来,养殖规模不断扩大,其间各种细菌、病毒和寄生虫引起的疾病日益严重。因此,灭活疫苗以其独特 ......
单胞菌 大菱鲆 活疫苗 抗性 甲基

易基因:番茄细菌性青枯病的噬菌体联合治疗|国人佳作

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 生物防治是利用细菌接种剂来改变植物根际微生物群落的组成,但在以往研究中存在有接种的细菌在根际建立不良,与本地微生物组争夺资源,干扰本地微生物的问题。而与细菌接种剂相比,噬菌体的主要好处是它们的宿主特异性,和只要有宿主细菌存在,即便是在其 ......
青枯病 噬菌体 细菌性 佳作 番茄

易基因:WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关|Genome Biol

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中,DNA甲基化发生在基因编码区,称为基因体甲基化(gene body methylation,GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征,但基因体甲基化与转录抑制无关,其生物学重要性尚不清 ......
基因 可塑性 甲基 植物 动态