微生物
常用的微生物菌群分析软件包
微生物菌群分析是研究微生物群落组成和功能的重要领域。以下是一些常用的微生物菌群分析软件包： 1. QIIME（Quantitative Insights Into Microbial Ecology）：QIIME是一个用于分析微生物群落的开源软件包。它提供了一系列工具和算法，用于处理和分析16S r ......
疾病诱导的植物微生物组装与功能适应的变化
Disease-induced changes in plant microbiome assembly and functional adaptation Gao et al. Microbiome(2021) 9:187https://doi.org/10.1186/s40168-021-011 ......
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）简介
微生物菌群数据集的探索性数据分析（EDA）一般包括以下内容：1. 数据概览：查看数据集的基本信息，包括数据的维度、特征的数量和类型等。2. 缺失值处理：检查数据集中是否存在缺失值，并根据情况进行处理，例如删除缺失值或使用合适的填充方法。3. 数据清洗：对数据进行清洗，包括去除重复值、处理异常值和噪声 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案｜原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因：细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组
1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序？ 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径，能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息，绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
易基因直播预告｜细菌微生物基因表达调控表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是在半个多世纪前在细菌中发现的。DNA碱基可以作为一个表观遗传调节因子——也就是说，它可以赋予相同的基因序列不同的和可逆的调控状态。在真核生物中，表观遗传调控可以发生在多个水平上：DNA甲基化、核小体定位、组蛋白变异和组蛋白 ......
下载微生物数据（孟德尔随机化）
登录https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home 选择TopHits 暴露因素选择条件0到1e-5 或者5e-8 作为结局数据选择条件5e-5到1 根据菌群纲目ID进行分类 ，可以选择MendelR包里面的函数进行切割并自动化SNP模版split_mibiog ......
B73是易感品种，为何根际微生物群落的互作更强
B73作为易感品种，在根际微生物群落的互作方面表现出更为加强的特点，这在一定程度上可以解释为何B73自交系的根际微生物类群具有更高的网络连通性。根际微生物是与植物根系紧密关联的微生物群落，它们与植物之间进行复杂的相互作用，包括共生、拮抗、共生、共生菌根等。这些微生物与植物之间的相互作用对于植物的健康 ......
为什么要研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异？
研究Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica的根系微生物群落差异有助于我们更好地了解NRT1.1B基因对水稻根系微生物群落的影响。Nipponbare NRT1.1Bjaponica和Nipponbare NRT1.1Bindica是两个 ......
为什么要研究籼稻和粳稻亚种根系微生物群的差异？
研究籼稻和粳稻亚种根系微生物群的差异有助于我们更好地了解水稻根系微生物群落的组成和功能。这些微生物与水稻植株有着密切的相互作用，能够影响水稻的生长发育、养分吸收和抗病能力。通过比较不同亚种根系微生物群的差异，我们可以发现哪些微生物在不同亚种中起到重要作用，为水稻栽培和育种提供重要参考。 ......
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学
土壤微生物组——从宏基因组学到元基因组学 摘要：土壤微生物主导着包括植物生长和碳等其他营养物质循环在内的各种重要过程。然而，大多数土壤微生物尚未被分离出来，它们的功能在很大程度上是未知的。虽然宏基因组测序揭示了微生物的物种信息和功能基因信息，但它包含了很多具有巨大不同生理状态下的微生物DNA。因此， ......
微生物测序：应用于人类肠道微生物组具有菌株分辨率的高通量单微生物基因组学
Microbe-seq: high-throughput, single-microbe genomics with strain resolution, applied to a human gut microbiome doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.1 ......
代谢物在根际微生物群落与植物互作的重要作用
代谢物在根际微生物群落与植物的互作中发挥着重要作用，对于植物的生长、养分吸收和健康状态具有重要影响。以下是代谢物在根际微生物群落与植物互作中的几个关键作用： 信号物质传递：微生物产生的代谢物可以作为信号物质在植物与微生物之间进行通讯。这些信号物质可以触发植物的防御反应、激活特定基因表达以及调节植物的 ......
玉米根际微生物可分解土壤有机质、促进植物的养分吸收，还可以做什么？
除了分解土壤有机质和促进植物的养分吸收，玉米根际微生物还可以发挥以下功能： 生物控制植物病原菌：一些根际微生物具有抗菌活性，可以抑制植物病原菌的生长和繁殖，从而减少植物病害的发生。这些有益微生物可以通过竞争营养资源、产生抗生素和产生抗菌物质等方式发挥生物防治的作用。 促进植物生长激素的合成：一些根际 ......
玉米的根系微生物
当涉及到宏基因组的研究时，微生物群落是一个非常重要的话题。玉米的根系与其中的微生物密切相关，以下是一些关于玉米根系微生物的信息： 玉米根系区域的微生物群落主要包括细菌和真菌等多种微生物。 这些微生物可分解土壤有机质、促进植物的养分吸收及固氮等。 研究表明，玉米根系区域微生物群落随栽培时间而变化，并受 ......
玉米不同生长发育时期的根系微生物群落不同
近年来，越来越多的研究表明，根系微生物群落与植物在不同生长发育时期之间存在着密切的关联。尤其是对于玉米这类重要经济作物来说，了解其不同生长发育阶段的根系微生物群落变化规律对于其高产优质的种植具有重要意义。 在早期生长发育阶段，玉米根系主要受到诸如放线菌门、拟杆菌门和链霉菌门等细菌的影响，这些细菌能够 ......
玉米基因型不同导致其根系微生物群落不同
当进行宏基因组分析时，我们发现不同的玉米基因型可能会导致其根系微生物群落的不同。这种群落的变化可能与许多环境因素相关，例如土壤pH值、温度、湿度和养分含量等。 然而，最近的研究表明，玉米基因型也可能对其根系微生物群落的形成产生影响。例如，在一项研究中，研究人员对20个不同玉米基因型进行了分析，并通过 ......