甲基

易基因|全基因组DNA甲基化测序(WGBS)揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 众所周知,衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移,肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数,以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降,其中涉及许多分子机制,包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DN ......
基因 基因组 表观 甲基 机制

易基因:DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 双生病毒(Geminiviruses)是一种DNA植物病毒,可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中,双生病毒调控细胞过程,抑制植物防御,并导致感染细胞的大量重编程,导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感 ......
表观 遗传学 甲基 番茄 基因

易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 2023年,易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷,小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。 01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴,登上《细胞》封面 (cell / IF 64.5) 02、o ......

易基因: RNA m7G甲基化修饰的生物学功能及其在癌症中的作用|综述

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 m7G修饰是RNA转录后修饰之一,存在于许多不同类型的RNA中。通过对RNA中m7G修饰的准确鉴定,揭示了m7G在基因表达调控和不同生理功能中的作用。越来越多的证据表明,m7G修饰在癌症发生中至关重要。本文综述了m7G的检测技术、分布、 ......
甲基 生物学 癌症 基因 作用

易基因:动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角|综述

动脉粥样硬化(Atherosclerosis, as)是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变,是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外,越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关,并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
表观 甲基 动脉 视角 基因

易基因:MeRIP-seq等揭示m6A RNA甲基化以ABA依赖性方式调控草莓果实成熟

DNA甲基化等表观遗传标记在调控不同成熟阶段果实成熟中起着关键作用。m6A甲基化已被证明可以调控番茄成熟,但目前尚不清楚 mRNA m6A甲基化是否对不同类型水果的成熟调控具有功能保守性。 2021年6月,中国科学院植物研究所秦国政研究组在《Genome Biology》杂志发表题为“N6-meth ......
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易基因:人早期胚胎发育的表观遗传调控(染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化)|深度综述

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解,并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱,激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
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易基因:人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 目前,六分之一的夫妇患有不孕不育,其中多达一半的病例由男性因素引起,在过去的40年中,精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少,但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
甲基 精子 基因 ChIP-seq 区域

易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制|研究速递

双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中,双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
甲基 基因 MeRIP-seq 细胞 角度

易基因: MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂,是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而,在几十年的临床应用中, ......
甲基 基因 MeRIP-seq 细胞 角度

易基因:oxBS揭示口腔鳞癌的启动子区甲基化和羟甲基化变化及基因差异表达|项目文章

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 口腔鳞状细胞癌(Oral squamous cell carcinoma, OSCC)是世界范围内最常见的癌症类型之一。尽管已有研究表明5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5mC)和5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxym ......
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易基因:oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 近日,徐州市中心医院(徐州医科大学徐州临床学院)史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
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易基因:综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日,南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......

易基因:MeRIP-seq+ChIP-seq等揭示m6A甲基化在休眠期转录休眠调控中的潜在功能

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 发育通常被认为是遗传程序的顺序展开,复杂程度不断提高,并按固定轨迹随时间进行。然而,调整发育时间可以提高在不利条件下的存活率。在哺乳动物中,这表现为胚胎停育。在小鼠胚泡和胚胎干细胞中,通过抑制mTOR表达以及对Myc转录因子的抑制可诱导 ......
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易基因:家禽中的DNA甲基化研究应用(繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等)

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰,参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂,用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日,华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
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易基因:RRBS等揭示DNA甲基化-肿瘤免疫逃逸-肾上腺皮质癌侵袭的相关性|表观研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 肾上腺皮质癌(Adrenocortical carcinoma,ACC)是一种罕见的侵袭性肾上腺内分泌癌。在肾上腺皮质癌中,最近研究表明以CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype,CIMP)为特 ......
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易基因:ChIP-seq等揭示BRWD3调控KDM5活性以维持H3K4甲基化水平的表观机制|PNAS

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白修饰对调控染色质结构和基因表达至关重要,组蛋白修饰失调可能导致疾病状态和癌症。染色质结合蛋白BRWD3(Bromodomain and WD repeat-containing protein 3)是Cul4-DDB1 E3泛素连 ......
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易基因: WGBS等从DNA甲基化揭示杀鲑气单胞菌灭活疫苗对大菱鲆的免疫力:抗性育种

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是表观遗传学中最重要的修饰之一,在免疫应答中发挥着重要作用。自引进大菱鲆(Scophthalmus maximus,商品名:多宝鱼)以来,养殖规模不断扩大,其间各种细菌、病毒和寄生虫引起的疾病日益严重。因此,灭活疫苗以其独特 ......
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易基因:WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关|Genome Biol

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中,DNA甲基化发生在基因编码区,称为基因体甲基化(gene body methylation,GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征,但基因体甲基化与转录抑制无关,其生物学重要性尚不清 ......
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易基因:细菌微生物基因表达调控表观研究方案|原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序? 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径,能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息,绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
基因 原核 表观 甲基 微生物

易基因:细菌微生物基因表达调控表观研究方案 | 原核三代甲基化+转录组

1、原核甲基化 原核生物中的DNA甲基化 原核生物甲基化为什么基于三代测序? 第三代DNA测序为原核细菌的甲基化和表观遗传的研究开辟了一条新的途径,能够在基因组的水平上获取整个表观遗传的序列信息,绘制全基因组甲基化组。 细菌中DNA甲基化研究意义 Matthew J. Blow等人通过对200多种不 ......
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易基因|ONT:三代原核甲基化在痤疮杆菌噬菌体表观遗传印迹中的工程选择性研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 痤疮表皮杆菌(Cutibacterium acnes,C.acnes)是一种革兰氏阳性细菌,是人类皮肤微生物组成员。尽管是最丰富的皮肤共生体,但某些成员与常见的炎症性疾病(如痤疮)有关。各种C.acnes分支的完整基因组序列可以鉴定推定 ......
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易基因: WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制|植物发育

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达;它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation,RdDM)通路调 ......
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易基因:MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制|组学研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤(uterine fibroids,UF)是生殖系统最常见的良性肿瘤,也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高,但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明,发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关,当发育 ......
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易基因:MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制|植物抗逆

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程,从而对低温应激进行响应。在转录后水平上,这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明,m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
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5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控|植物研究

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 在植物中,5mC DNA甲基化修饰(简称5mC甲基化)是一个重要而保守的表观基因标记,参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。茶树(Camellia sinensis(L.)O.Kuntze)是一 ......
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易基因:WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制|科研速递

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 丹参(Salvia miltiorrhiza,S. miltiorrhiza)是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物,丹参的根会合成一组称为丹参酮(tanshinone)的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
丹参 甲基 丹参酮 基因 科研

易基因:全基因组DNA甲基化测序(WGBS)揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化|科研速递

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘(asthma)是儿童期最常见的慢性炎症性疾病,患病率2.6%~30.5%,儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果,可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
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三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容

王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面,王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中,针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题,王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......
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易基因:m5C RNA甲基转移酶及其在癌症中的潜在作用机制|深度综述

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 近年来,5-甲基胞嘧啶(m5C)RNA修饰已成为通过编码和非编码RNA调控RNA代谢和功能的关键参与者。越来越多的证据表明,m5C可以调控RNA稳定性、翻译、转录、出核和切割,以及介导细胞增殖、分化、凋亡、应激反应和其他生物学功能。人的 ......
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