碱基

简并碱基 简并/混合碱基 A+C+G → V ​简并/混合碱基 A+T+G → D ​简并/混合碱基 T+C+G → B ​简并/混合碱基 A+T+C → H ​简并/混合碱基 A+T → W ​简并/混合碱基 C+G → S ​简并/混合碱基 T+G → K ​简并/混合碱基 A+C → M ​简 ......

远古文。当个搬运工。 最近生物课学了 ACGTU 一堆碱基，名字更是 confusing，鸟嘌呤、胸腺嘧啶……突发奇想这些的英文是什么？ 腺嘌呤：adenine 胞嘧啶：cytosine 鸟嘌呤：guanine 胸腺嘧啶：thymine 尿嘧啶：uracil 然后可以发现前四个的英文名称都有 -in ......

基因分型数据和碱基序列的输入都是对DNA信息的编码，但它们的表达方式和所提供的信息不同。为了理解它们之间的联系，让我们首先明确这两者的定义： 基因分型数据： 基因分型数据通常是在特定的单核苷酸位置上（即SNP位置）对个体的DNA的描述。每个SNP位置可以有三种情况：两种纯合子和一种杂合子。例如，考虑 ......

001、 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 a ......

001、 [root@pc1 test]# ls a.fastq [root@pc1 test]# head -n 4 a.fastq ## 测试fastq格式数据 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCT ......

001、测序数据为fastq格式 fastq格式数据没四行为一个单位，其中第二行是碱基，第四行为对应的碱基质量值： 如下： (base) [b20223040323@admin1 test01]$ ls ## 测试fastq格式数据 test.fastq (base) [b20223040323@a ......

001、测试序列，碱基序列保存只a.fa文件中，统计下面这段序列中A、C、G、T碱基的个数 [root@PC1 test01]# ls a.fa [root@PC1 test01]# cat a.fa ## 测试fasta文件 AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTC ......

王院长的报告涵盖了针对三代测序数据从碱基识别、基因组组装、变异检测和甲基化修饰检测等方面的内容。 在基因组组装算法方面，王院长分享了其团队在二代和三代测序数据基因组组装算法设计与分析方面的成果和突破。其中，针对长读长测序的高错误率以及错误分布不均匀等问题，王院长介绍了团队设计的一系列基因组组装和po ......

# [TJOI2018]碱基序列 ## 题目描述 小豆参加了生物实验室。在实验室里，他主要研究蛋白质。他现在研究的蛋白质是由$k$个氨基酸按一定顺序构成的。每一个氨基酸都可能有$a$种碱基序列$s_{i,j}$构成。 现在小豆有一个碱基串$s$，小豆想知道在这个碱基上都多少中不同的组合方式可能得到这 ......

001、 [root@PC1 test2]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgggttgggcccyujjjttt ddeeeegghggii >chr2 8883dsfdkkkfftteeessskkk aaadddfffgggcccgggt33 ddggee ......

001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa test.py [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试fasta文件 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat test.py ## python程序 #!/usr/bin/env py ......

001、 [root@PC1 test03]# ls a.fa [root@PC1 test03]# cat a.fa ## 测试序列 ATCGATGC [root@PC1 test03]# cat a.fa | tr "ATCG" "TAGC" ## 提取碱基序列的互补序列 TAGCTACG ......

01、下载 git clone https://github.com/billzt/readfq.git 02、编译 gcc -o kseq_fastq_base kseq_fastq_base.c -lz ......

今天分享一个自己写的python小脚本可以实现单碱基的基因组位置转换到转录本的坐标，欢迎大家使用，并提出错误 #!/share/home/hujun/miniconda3/bin/python3 import pybedtools from pybedtools import BedTool imp ......