fastq
fastq demultiplexing
有时候需要手动拆分demultiplexing fastq 你递交给测序商的index是不对的，得到的只有Undetermined fastq； 类似10x的库，有非常多的index需要拆分； 一个现成的工具：demultiplex 需要先构建一个tsv index文件：ATACSeq_oligos ......
fqkit: 一个处理fastq序列的小工具 （一）
一个用于处理fastq测序文件的命令行小工具，功能还在不断更新中，子命令也不多，支持gzip压缩文件的输入和输出（结果文件名以.gz结尾，结果会自动压缩）。 reop: https://github.com/sharkLoc/fqkit install: cargo install fqkit us ......
shell脚本从单个fastq中提取成对的fastq
## step1: awk 'NR % 4 == 1' batch9.fastq | sed 'N; s/\n/\t/; s/\//\t/g' | awk '{if($1 == $3 && $2 != $4) {print (NR - 1) * 8 + 1, NR * 8}}' > index.tx ......
根据sra号从ncbi下载标准fastq数据
001、ncbi官网 002、SRA Lite和SRA Normalized 的 区别： https://www.omicsclass.com/article/2178 如下图： sra.lite的磁盘占用小于标准sra的，以SRR3156163为例。 003、sra.lite 和 sra标准数据下 ......
linux中awk命令对fastq格式的碱基质量体系进行判断
001、 [root@pc1 test]# ls a.fastq [root@pc1 test]# head -n 4 a.fastq ## 测试fastq格式数据 @SRR12342886.1 1/1 TCTTCAAAAATTTCTCACAGCTTGTTGTGATCCACACAGTCAAAGGCT ......
python 中 Bio中SeqIO模块处理fastq数据
001、输出fastq的ID [root@PC1 test02]# ls a.fastq test.py [root@PC1 test02]# cat a.fastq ## 测试fasq数据，一共两个reads @SRR8442980.988/2 AAGG + :FFF @SRR8442980.11 ......
kseq_fastq_base.c:1:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory
01、ubuntu系统： (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/software/readfq# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubunt ......