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一般数据都是写入数据库，客户端软件会用到注册表。我看有不少数据写入注册表，就很疑惑，为什么不写入数据库。所以查下什么样的情况下，数据写入注册表。
软件在安装和应用的过程中需要保存一些东西，如路径等，有的还需要加载到启动项里，所以会提示修改注册表。
注册表是用来代替INI文件的（配置文件）
写入注册表的一般都是软件的设置，如某些选项或者路径。
不写入注册表的一般称为“绿色软件”她们或功能简单，或仍用INI文件来保存配置。
程序打包与向注册表注册没有直接关系，是否向注册表写东西完全取决于你个人的需求。
至于怎样向注册表注册，目前有两种方式，一种是用程序集注册工具 (Regasm.exe),还有一种是采用API可编程的对注册表写东西，这个链接中有概括相关的API函数，你可以参考一下。
http://www.cppblog.com/AutomateProgram/archive/2009/05/22/85352.html
关于程序打包发布，一般有两种方式，一种是setup方式，一种是clickonce;