品种间的选择是一次性的行为，而品种内的选择却是长期的工作。只有真正做好了选择工作，才能保证持续的遗传进展。品种内选择（即育种）的具体方法有很多，这里只做概括性的论述。
一般来说，育种的过程就是选择优良基因的过程，过去我们只通过外表来判断基因，甚至通过肉眼就作出了评估，肉眼判断是很主观的判断，可靠性很低。（表型选择）
后来我们通过客观的设备来度量和评价外表（活体），如体长体高体重的测定、背膘和眼肌的测定、料肉比的测定（需要自动喂料测定系统）、甚至胴体组成的测定（需要CT扫描设备）；母猪上除了产仔数有关的一系列记录外，我们也测定仔猪初生重、断奶重、及断奶窝重（这是为了测定母猪的泌乳力）等。（生产性能测定）
我们在评估测定结果之前（或同时），会对环境因素做清除或校正。个体的外在表现（或叫表型）一方面取决于基因、另一方面取决于环境，这里的环境是广义的，包括猪舍环境、管理好坏、饲料优劣、疾病情况等等。如果我们有足够多的数据，我们就可以校正或扣除环境因素，而只留下基因的作用，这时选外表就等于选基因了。尽管我们不知道发挥作用的是哪些基因，我们把基因当成了一个黑箱,通过选外表而间接地选择了这个黑箱。（遗传评估）
近十年来，我们在选外表的基础上,开始尝试着直接选基因了。从候选基因的选择到分子标记的应用，甚至开始了全基因组的选择。目前看两者的结合，即从外表判断基因和直接选择基因两种方法的结合，才是最有效、最可靠的。
对遗传力低的性状，杂交则会带来杂交优势，如繁殖性状遗传力低，受环境影响大，选择效果不明显，但繁殖性状却有较大的杂交优势（通常达10%左右）。（低遗传力性状杂交利用）
当然杂交方法有很多，各有特点，我们应该根据参与杂交群体的特性、后代杂交优势的大小、以及品种互补性的高低等，选择最合适的杂交模式，商品猪生产中最常用的杂交方法是三元杂交。
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