npm2
嵌套结构：这个版本下依赖是嵌套的，一个包的内部也会有node_modules，A依赖于B，B依赖于C，而外部可能有其他包也依赖于C，模块实例无法共享，于是会造成内存占用多、体积大的问题。而且对于C，它的路径可能会很长，windows很多程序无法处理超过260个字符的路径名。
版本控制：对于package.json中给定的版本号，同一个项目不同人装时可能出现版本不一致而产生的bug。
"5.0.3"：指定5.0.3版本
"~5.0.3"：安装5.0.x的最新版本
"^5.0.3"：安装5.x.x的最新版本
Yarn
- 速度快：
1）并行安装：无论 npm 还是 Yarn 在执行包的安装时，都会执行一系列任务。npm 是按照队列执行每个 package，也就是说必须要等到当前 package 安装完成之后，才能继续后面的安装。而 Yarn 是同步执行所有任务，提高了性能。
2）离线模式：如果之前已经安装过一个软件包，用 Yarn 再次安装时直接从缓存中获取，就不用像 npm 那样再从网络下载了。（npm6也有缓存，但不支持离线模式）
- yarn.lock：
引入 yarn.lock 文件来管理依赖版本问题，保证每次安装都是一致的。（npm5的更新也加入了package-lock.json文件起同样效果）
- 扁平化：
解决了依赖重复下载，嵌套路径过长的问题。依赖不再是一层层嵌套，而是放在同一层。其实npm3的时候就已经设计出了扁平化的模式，但是npm3的扁平化仍有不少地方会出现嵌套，依赖同一个包的不同版本的情况，不同版本的出场顺序导致依赖结构的差异，如下图所示，vue-style-loader和webpack都依赖于json5这个包，而且外层还有个json5，只是它们的版本不同。
而使用yarn，可以避免这样的情况，json5作为一个包独立的放在了外层（虽然上例中，外层本身也有json5），vue-style-loader中不再有node_modules和json5
pnpm
pnpm是一代新的包管理工具，正被更多的人使用。它不再复制下载依赖，只在全局仓库保存一份 npm 包的内容，其他地方都使用link，软硬链接，这是操作系统提供的机制，硬连接就是同一个文件的不同引用，而软链接是新建一个文件，文件内容指向另一个路径。当然，这俩链接使用起来是差不多的。
这样不会有复制多次的磁盘空间浪费，而且也不会有路径过长的问题。因为路径过长的限制本质上是不能有太深的目录层级，现在都是各个位置的目录的 link，并不是同一个目录，所以也不会有长度限制。
包是从全局 store 硬连接到虚拟 store 的，这里的虚拟 store 就是 node_modules/.pnpm。
下例是一个仅安装了express的项目的node_modules结构
可以发现这里有express的硬链接文件，点进去后又是node_modules，为express项目需要的依赖，不过全是软链接文件互相依赖。
所以pnpm好就好在：1、节省磁盘空间，一个包全局就存一份，剩下的都是软硬连接。2、快，链接的方式不同于复制，会快不少。不过也有问题就在于pnpm要求node版本高，对于老项目而言会有兼容性问题。
总结：
- npm古早版本嵌套结构，又慢又占用磁盘多，还容易因路径过长导致问题。
- yarn采用扁平化结构占用少，并行下载和离线模式更快。
- pnpm使用软硬连接，更少占用且更快。但不兼容老项目。