linux 中blast序列比对

发布时间 2023-07-15 12:09:44作者: 小鲨鱼2018

 

001、对数据库构建索引

makeblastdb -in protein.faa -dbtype prot -parse_seqids -out database_name -logfile log

 

makeblastdb:构建索引的软件

-in  protein.faa: 要构建索引的数据库(这里是拟南芥的蛋白质序列)

-dbtype : 指定数据类型,prot为蛋白质、nucl为核酸; 这里是蛋白质,因此选prot

-parse_seqids: 帮助我们解析fa文件中,“>”后面的id信息

-title:给数据库起个名(不能用在后面搜索时-db的参数)

-out: 后接数据库名

-logfile:输出日志文件。