bowtie2 -x /10t/wz/SRR_Acc/index/index -1 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_1.fastq -2 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_2.fastq --very-sensitive-local -p 35 -S /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562.sam --un-conc /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562_unmap 帮我分析一下这条语句
bowtie2
: 这是Bowtie2程序的名称,用于DNA序列比对。
-x /10t/wz/SRR_Acc/index/index
: -x
选项后面是索引文件的路径,即待比对的参考基因组的索引。
-1 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_1.fastq
: -1
选项后面是第一条PE(paired-end)测序数据的路径。
-2 /10t/wz/SRR_Acc/PRJNA/SRR8185562_2.fastq
: -2
选项后面是第二条PE测序数据的路径。
--very-sensitive-local
: 这是Bowtie2的参数选项,使用非常敏感的本地模式进行比对。
-p 35
: -p
选项后面是并行线程数,此处设置为35,表示使用35个线程进行比对。
-S /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562.sam
: -S
选项后面是输出比对结果的SAM格式文件的路径。
--un-conc /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562_unmap
: --un-conc
选项后面是未比对上的read对的输出文件路径,这里是将未比对上的paired reads输出到指定文件中。
通过执行这条命令,Bowtie2将使用参考基因组的索引进行敏感本地比对,并输出比对结果到SAM文件中。同时,未比对上的paired reads会被输出到指定的文件中。此外,该命令还使用35个线程来加速比对过程。