DNA
易基因｜全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示衰老对肝再生的表观基因组调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 众所周知，衰老会对肝脏再生产生影响。随着时间的推移，肝脏再生能力显著下降。肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数，以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降，其中涉及许多分子机制，包括DNA甲基化依赖性基因组重塑。那么DN ......
易基因：DNA甲基化和转录组分析揭示番茄黄化曲叶病毒感染过程中的转录和表观遗传学变化
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双生病毒（Geminiviruses）是一种DNA植物病毒，可引起影响全球作物的高度破坏性疾病。在感染过程中，双生病毒调控细胞过程，抑制植物防御，并导致感染细胞的大量重编程，导致整个植物稳态重大变化。测序技术进步允许大规模同时分析病毒感 ......
A Long read hybrid error correction algorithm based on segmented pHMM 基于pHMM的DNA序列分析与错误修正方法研究
基于pHMM的DNA序列分析与错误修正方法研究 这篇论文主要内容是关于DNA序列分析中的错误纠正方法。论文提出了一种基于概率隐马尔可夫模型(pHMM)的错误纠正方法。首先，通过SR-LR对齐和基于短读序列对齐的预处理步骤，对DNA序列进行处理。然后，利用pHMM构建了一个隐藏的马尔可夫模型，并进行前 ......
易基因2023年度DNA甲基化研究项目文章精选
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年，易基因参与的DNA甲基化研究成果层出不穷，小编选取其中5篇不同方向的论文与您一起来回顾。 01、易基因微量DNA甲基化测序助力中国科学家成功构建胚胎干细胞嵌合体猴，登上《细胞》封面 （cell / IF 64.5） 02、o ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
易基因：人精子H3K4me3 ChIP-seq和DNA甲基化WGBS揭示与生育和发育相关重叠区域
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 目前，六分之一的夫妇患有不孕不育，其中多达一半的病例由男性因素引起，在过去的40年中，精子数量下降了50%。尽管导致精子质量和数量下降的因素知之甚少，但环境-表观基因组相互作用是可能的。暴露于有毒物质、饮食和 BMI 升高与精子表观基因 ......
DNA | RNA | Protein | 提取 | 纯化 | 定量
这算是wet lab实验室最为基本的技能了。 基因克隆，从Ecoli里提取质粒，不要忘了加RNase，否则在做gateway cloning的时候RNA会抑制LR反应。 不同用途的实验对DNA、RNA、Protein的纯度要求是不一样的，这你要自己去摸索，比如普通Lentivirus packagi ......
R软件基于k-mer 的DNA分子序列比较研究及其应用
全文链接：https://tecdat.cn/?p=34394 原文出处：拓端数据部落公众号 分析师：Xiaoqi Wu 科学技术的发展为各个领域都带来了深刻的变革，在生物学领域，随着计算机的应用，生物学与信息学的结合诞生了一门新的融合学科——生物信息学。作为生物信息学的重要研究内容之一，生物序列比 ......
SnapGene：专业生物分析软件，轻松解析DNA序列 mac/win版
SnapGene是一款功能强大的DNA序列生物分析软件，它可以帮助用户轻松解析、管理和可视化DNA序列数据。SnapGene适用于各种生物信息学研究领域，包括基因组学、转录组学和进化生物学等。 点击获取SnapGene mac/win版 首先，SnapGene具有直观的用户界面，使得用户可以轻松上手 ......
易基因：oxBS揭示复发性膀胱癌的DNA甲基化和羟甲基化变化并鉴定预测PD-L1表达标记物
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 近日，徐州市中心医院（徐州医科大学徐州临床学院）史振铎等为第一作者、韩从辉教授为通讯作者在《Biomarker Research》杂志发表题为“Integrative multi-Omics analysis depicts the m ......
易基因：综合全基因组DNA甲基化和转录组学分析鉴定调控骨骼肌发育潜在基因 | 研究进展
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是骨骼肌发育中关键的表观遗传调控机制。但胚胎鸭骨骼肌发育中负责DNA甲基化的调控因子仍然未知。 2023年10月23日，南京农业大学动物科技学院于敏莉副教授团队在《Int J Mol Sci》杂志发表题为“The Integ ......
牛客[编程题] HJ63 DNA序列
HJ63 DNA序列 中等 通过率：39.36% 时间限制：1秒 空间限制：32M 描述 一个 DNA 序列由 A/C/G/T 四个字母的排列组合组成。 G 和 C 的比例（定义为 GC-Ratio ）是序列中 G 和 C 两个字母的总的出现次数除以总的字母数目（也就是序列长度）。在基因工程中，这个 ......
易基因：家禽中的DNA甲基化研究应用（繁殖性状+肌肉发育+疾病+产蛋量等）
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化作为一种重要的表观遗传修饰，参与动物细胞分化、胚胎发育、基因组印记和性染色体失活等生物学过程。随着DNA甲基化测序变得越来越复杂，用它来解决更多的动物学问题成为可能。2023年11月5日，华南农业大学动物遗传育种与繁殖系聂庆 ......
重复的DNA序列
题目概述：给定一字符串，返回该字符串中出现次数大于等于2且长度为10的子串 解题思路：由于其给定了子串的长度，所以我们利用substring函数直接枚举即可 时间复杂度：\(O(n)\) 代码： class Solution { public List<String> findRepeatedDna ......
[ARC104B] DNA Sequence 题解
题意 对于一个只含有 A，C，T，G 的字符串 \(s\), 定义其为匹配的当且仅当其中 A 的数量和 T 的数量相等，C 的数量和 G 的数量相等。 给定一个长度为 \(N\) 的字符串 \(S\)，求其有多少个非空子串是匹配的。 \(1 \le N \le 5000\)。 题解 \(\mathc ......
易基因：RRBS等揭示DNA甲基化-肿瘤免疫逃逸-肾上腺皮质癌侵袭的相关性｜表观研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾上腺皮质癌（Adrenocortical carcinoma，ACC）是一种罕见的侵袭性肾上腺内分泌癌。在肾上腺皮质癌中，最近研究表明以CpG岛甲基化表型(CpG island methylator phenotype，CIMP)为特 ......
易基因： WGBS等从DNA甲基化揭示杀鲑气单胞菌灭活疫苗对大菱鲆的免疫力：抗性育种
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化是表观遗传学中最重要的修饰之一，在免疫应答中发挥着重要作用。自引进大菱鲆（Scophthalmus maximus，商品名：多宝鱼）以来，养殖规模不断扩大，其间各种细菌、病毒和寄生虫引起的疾病日益严重。因此，灭活疫苗以其独特 ......
易基因：WGBS等揭示植物基因体动态DNA甲基化与基因表达可塑性相关｜Genome Biol
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在一些真核生物中，DNA甲基化发生在基因编码区，称为基因体甲基化(gene body methylation，GbM)。尽管DNA甲基化在转座子和重复DNA沉默中的作用已得到很好的表征，但基因体甲基化与转录抑制无关，其生物学重要性尚不清 ......
DNA重组--团队展示
队名：DNA重组 团队项目描述：谁不想用电脑摸鱼的时候上网页点个外卖呢？所以我们做了网页外卖平台。 队员风采： 学号：2023021871成员姓名：周佳宁博客园地址：https://www.cnblogs.com/t-travel/性格：开朗、乐观擅长的技术：java后端、web前端角色：后端宣言： ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
shell中实现DNA序列一致性计算
001、 [root@pc1 test02]# ls a.txt test.sh [root@pc1 test02]# cat a.txt ## 测试数据 ATCCAGCT GGGCAACT ATGGATCT AAGCAACC TTGGAACT ATGCCATT ATGGCACT [root@pc1 ......
5mC DNA甲基化介导茶树组织功能分化和重要风味物质合成调控｜植物研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在植物中，5mC DNA甲基化修饰（简称5mC甲基化）是一个重要而保守的表观基因标记，参与基因组稳定性、基因转录调控、发育调控、非生物胁迫响应、代谢物合成等多种调控。茶树（Camellia sinensis(L.)O.Kuntze）是一 ......
python中计算dna序列的GC含量
001、对G、C计数进行统计 [root@pc1 test01]# ls a.fa test.py [root@pc1 test01]# cat a.fa ## 测试DNA序列 >Rosalind_6404 CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGG ......
python中求DNA的反向互补序列
001、 利用循环结构实现 [root@PC1 test01]# ls a.fa test.py [root@PC1 test01]# cat a.fa ## 测试DNA序列 AAAACCCGGT [root@PC1 test01]# cat test.py ## 程序 #!/usr/bin/env ......
python中将DNA链转换为RNA链
001、利用循环结构 [root@PC1 test01]# ls a.fa test.py [root@PC1 test01]# cat a.fa ## 测试DNA序列 GATGGAACTTGACTACGTAAATT [root@PC1 test01]# cat test.py ## 转换程序 #! ......
易基因：WGBS等揭示丹参甲基化表征及DNA甲基化在丹参酮生物合成中的调控机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 丹参（Salvia miltiorrhiza，S. miltiorrhiza）是一种具有重要经济价值和药用价值的模式药用植物，丹参的根会合成一组称为丹参酮（tanshinone）的二萜类亲脂性生物活性成分。丹参酮的生物合成和调控引起广泛 ......
易基因：全基因组DNA甲基化测序（WGBS）揭示儿童哮喘增强子区域的整体低甲基化｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哮喘（asthma）是儿童期最常见的慢性炎症性疾病，患病率2.6%~30.5%，儿童哮喘是世界范围内的一个主要健康问题。儿童哮喘是遗传和环境因素复杂互作结果，可导致表观遗传和免疫失调、气道炎症和肺功能受损。先前研究利用850K芯片对哮喘 ......
1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结构
1953年克里克和沃森发现DNA双螺旋结构 1953年，克里克（Francis Crick）和沃森（James D. Watson）发现DNA双螺旋结构。这一发现是分子生物学时代的开端。1962年，沃森、克里克和威尔金斯获得了诺贝尔医学及生理学奖。 萨尔克(Jonas Salk)研究员研制出了小儿麻 ......