蛋白
贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据|附代码数据
原文链接：http://tecdat.cn/?p=22702 最近我们被客户要求撰写关于贝叶斯分位数回归的研究报告，包括一些图形和统计输出。 贝叶斯回归分位数在最近的文献中受到广泛关注，本文实现了贝叶斯系数估计和回归分位数（RQ）中的变量选择，带有lasso和自适应lasso惩罚的贝叶斯 摘要 还包 ......
易基因：动脉粥样硬化中的DNA甲基化和组蛋白修饰及其表观遗传治疗视角｜综述
动脉粥样硬化（Atherosclerosis, as）是一种以动脉血管壁炎症和斑块积聚为特征的血管病变，是大多数心血管疾病的重要病因。除了脂质沉积和慢性炎症外，越来越多的证据表明表观遗传修饰与动脉粥样硬化越来越相关，并从治疗和生物标志物的角度都很有意义。本文就DNA甲基化和组蛋白翻译后修饰在动脉粥样 ......
蛋白质定量技术 | Mass Spectrometry | LC-MS/MS | CyTOF | RIME | 单细胞蛋白组测序
名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass ......
蛋白质组搜库软件MaxQuant使用教程
目录MaxQuant基本原理MaxQuant使用MaxQuant实操 MaxQuant基本原理 MaxQuant使用 MaxQuant实操 更多信息请关注： ......
易基因：人早期胚胎发育的表观遗传调控（染色质重塑+组蛋白修饰+DNA甲基化）｜深度综述
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物发育研究促进了对协调胚胎发生遗传、表观遗传和细胞过程的理解，并揭示了对人类胚胎发生特异性新见解。最近研究生成了人类早期胚胎发生的第一个表观遗传学图谱，激发了关于表观遗传学重编程、细胞命运调控以及支撑人类胚胎发育可塑性的潜在机制新 ......
[论文精读][基于点云的蛋白-配体亲和力]A Point Cloud-Based Deep Learning Strategy for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
我需要的信息 代码，论文 不考虑共价键，每个点包括了六种原子信息，包括xyz坐标，范德华半径，原子重量以及来源（1是蛋白质，-1是配体）。原子坐标被标准化，其它参数也被标准化。对不足1024个原子的的复合体，补0到1024。 增加考虑的原子从1024到2048，没有提升，增加原子信息通道，没有提升（ ......
免疫共沉淀实验 | co-IP | 蛋白相互作用
Co-IP全称Co-Immunoprecipitation，中文学名免疫共沉淀，是一种以抗体和抗原识别专一性为基础，用于研究蛋白质之间相互作用的经典方法。 通俗点来说，假设我们需要研究样品中A蛋白和B蛋白之间是否存在一些相互作用，首先我们通过合适的方法处理样本，将蛋白提取出来（同时不能破坏蛋白之间的 ......
易基因：ChIP-seq揭示组蛋白修饰H3K27me3调控高温下棉花的雄性不育机制｜Plant Com
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 气候变化导致极端天气事件更加频繁地发生，包括反常的高温（high temperature，HT），HT胁迫对作物的生长发育和产量有严重的负面影响，如平均生长温度每升高1°C，水稻产量就会下降10%，这一下降主要是由于对生殖发育的影响。棉 ......
ConSurf-StandAlone | 蛋白保守性得分
ConSurf-StandAlone https://github.com/leezx/ConSurf-StandAlone /home/zz950/tmpData/consurf 如果对特定的fragment感兴趣，可以去做MSA，https://www.uniprot.org/uniprotkb ......
易基因： MeRIP-seq等揭示组蛋白乙酰化和m6A修饰在眼部黑色素瘤发生中的互作调控｜肿瘤研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 组蛋白去乙酰化抑制剂(HDACis)在多种恶性肿瘤中显示出令人鼓舞的结果。N6-甲基腺嘌呤(m6A)是最普遍的mRNA修饰，在肿瘤发生调控中起重要作用。然而，对组蛋白乙酰化和m6A RNA修饰之间的互作研究仍然未知。 2023年7月19 ......
拟南芥Sec14蛋白(SFH5和SFH7)介导磷脂酸在细胞器间的转运，并调控叶绿体的发育
脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......
Nature 重磅！赖氨酸代谢介导组蛋白巴豆酰化重塑肿瘤免疫
胶质母细胞瘤（GBM）呈现出免疫抑制性的肿瘤微环境（抑制T细胞浸润、激活及作用），也限制了免疫疗法的疗效。在GBM中，胶质母细胞瘤干细胞（GCS）的自我更新会促进细胞分化并产生耐药性。氨基酸代谢会影响T细胞的活化和功能，限制氨基酸摄入可以有效抑制体内的肿瘤生长。赖氨酸代谢会产生多种生物活性物质，如巴 ......
[论文精读][计算生物][蛋白质预训练表示]Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein Structure Decoy
笔者正在调研市面上的蛋白表示方法，论文方法过于数理的部分会被抽象带过。 ## Basic Information: * Title: Data-Efficient Protein 3D Geometric Pretraining via Refinement of Diffused Protein St ......
最长蛋白序列和最长转录本提取
#### 1. 第一种数据格式为protein.fa（translated.fa） 和 gene.gtf文件，序列信息如下  to a E3 ligase for degradation like dTAGv1， ......
易基因：NAR：ChIP-seq等揭示蛋白质酰基化与c-di-GMP协同调控放线菌发育与抗生素合成机制｜项目文章
易基因细菌ChIP-seq测序分析结果见刊《Nucleic Acids Research》 大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 2023年06月07日，华东理工大学生物工程学院和生物反应器工程国家重点实验室叶邦策教授和尤迪副教授为共同通讯作者、博士生符瑜为第一作者以“A ......
比较新冠病毒与蝙蝠和穿山甲冠状病毒基因组/蛋白序列比对，更好地了解COVID-19病原体SARS-CoV-2的起源与进化
比较新冠病毒与蝙蝠和穿山甲冠状病毒基因组/蛋白序列比对，更好地了解COVID-19病原体SARS-CoV-2的起源与进化 作者：王怡然 石育 赵月馨 沈讯 摘要：在新冠病毒COVID-19大流行的时代背景下，病毒的遗传信息对于其分类和可追溯性及其致病性至关重要。在全基因组水平上，SARS-CoV-2 ......
基于多源生物信息发现新蛋白并对E18分析
摘要：挖掘必要的蛋白质对于发现细胞的组织和生存过程至关重要。目前，检测必需蛋白质的计算方法很多。然而，这些现有的方法只关注网络的拓扑信息，而忽略了蛋白质的生物信息，导致对必需蛋白质的识别准确率较低。因此，本文提出了一种新的关键蛋白质预测策略，称为DEP-MSB，它综合了多种生物信息，包括基因表达谱、 ......
蛋白质概念
蛋白质是由氨基酸组成的。氨基酸是一类有机分子，它们包含一个氨基基团（NH2）、一个羧基基团（COOH）、一个氢原子以及一个侧链（R基团）。在蛋白质中，多个氨基酸通过肽键连接在一起形成多肽链，进而折叠成特定的三维结构。 有20种常见的氨基酸参与蛋白质的合成。这些氨基酸在结构上有所不同，主要是由于它们的 ......
蛋白质是如何生成的
蛋白质的生成过程称为蛋白质合成或蛋白质生物合成，它发生在细胞内的核糖体中。蛋白质合成包括两个主要的步骤：转录和翻译。 转录（Transcription）： 转录是指将DNA中的基因信息转录成RNA的过程。在细胞核中，DNA的两条链解开，其中一条链作为模板，由RNA聚合酶酶依据碱基配对原则合成与DNA ......
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势
蛋白质结构预测的研究方法及未来发展趋势 1. 引言 蛋白质是生物大分子，在生物体内执行运输分子、响应刺激、为细胞提供结构以及催化代谢反应等基本功能。蛋白质包含通过肽键连接的一条或多条氨基酸残基长链。在自然环境中，蛋白质通常自发折叠成特定的三级结构，其中每个原子在分子的三维空间中占据独特的位置。驱动蛋 ......
人CREB蛋白的生物信息学分析
小组成员：潘情情 2010020113（文献查找、论文撰写背景介绍部分、小组展示PPT制作）杨可 2010020125（文献查找、论文撰写材料与方法部分）丁欣玥 2010020101（文献查找、论文撰写材料与方法部分）徐诺 2010020114（文献查找、论文撰写讨论与结论部分、小组展示演讲） 结合 ......
蛋白质结构生物信息学
蛋白质结构生物信息学 参与人员：张航22020080140 白艳梅22020080001 徐旭22020080135 张章晟22020080144 摘要：蛋白质结构生物信息学有很多功能，可以进行蛋白质建模、蛋白质对接、蛋白质分子动力学和蛋白质相互作用。本博文简要介绍了蛋白质结构生物信息学的主要领域， ......
硒蛋白的生物信息学
硒蛋白的生物信息学 李思思 孟琪 金伟萍 摘要：生物信息学为硒的研究领域带来了重要的启示。过去二十年来，随着基因组资源的不断增长，计算工具的发展取得了进展，为研究硒蛋白提供了新的机会。本文综述了硒蛋白基因发现和其他硒生物学研究的生物信息学方法。最近的进展完整的硒蛋白组的可用性可以评估在整个生命树中硒 ......
生物信息学在蛋白质组学中的应用
生物信息学在蛋白质组学中的应用 朱贺 何博文 朱思颖 周雨薇 1 蛋白质组学 1.1 概述 蛋白质组学（Proteomics）从整体的角度分析细胞内动态变化的蛋白质组成成分、表达水平与修饰状态，了解蛋白质之间的相互作用与联系，从而揭示蛋白质功能与细胞生命活动规律，其逐渐成为当前生物学研究的热点和突破 ......
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析
蛋白质的结构的预测与 TCP 转录因子家族功能冗余分析 生物信息学伴随着人类基因组计划的发展而产生，生物信息学是一门交叉学科，它包含了生物信息的获取、加工、储存、分配、分析、解释等在内的所有方面，它运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量的数据所包含的生物学意义。生物信息学是生命科学领 ......
生物信息学-新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析
新型冠状病毒SARS-CoV-2 S蛋白基因的变异与进化分析 食硕2201班 汪睿劼 22020080043 食硕2201班 张 琦 22020080063 食硕2201班 孙 允 22020080037 食硕2201班 韩秋雨 22020080043 摘要：新型冠状病毒SARS-CoV-2 引发的 ......
蛋白质从头测序技术
1 引言 测序技术能够为研究学者带来大量的测序数据，而测序技术的不断优化使得测序数据更加准确。从头测序是一项不依赖于任何已知或参考序列的测序技术，它利用生物信息学分析技术将序列片段进行拼接、组装以实现整个序列的鉴定，可用于未知基因组、转录组和蛋白质的全序列分析。 在蛋白质组学中，利用串联质谱对肽段序 ......
蛋白质测序学习
蛋白质有四级结构，基本单位是氨基酸。氨基酸的分子结构通式为一个氨基-NH2、一个羧基-COOH、一个氢原子-H、一个侧链R基团连接在同一个碳原子上。根据R基团的不同，氨基酸分为20种。氨基酸之间羧基和氨基通过脱水缩合形成肽键-CO-NH-连接在一起,多个氨基酸最终形成一条肽链，肽链上氨基酸的排列顺序 ......