单细胞
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics用单细胞基因组学推断发育轨迹和因果规则
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......
蛋白质定量技术 | Mass Spectrometry | LC-MS/MS | CyTOF | RIME | 单细胞蛋白组测序
名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass ......
organoid | 类器官 | 培养 | 单细胞测序
单细胞是必须要做的 细胞系没有做单细胞的必要，除非是Perturb-seq； 其次就是Patient或Mouse derived Organoid了； 最后就是纯in vivo的Mouse，这个周期长门槛高； 重点来讲一下肠道类器官 Hans clever，鼻祖，YT上有ibiology的教学，可以 ......
单细胞分析工具集 | 持续更新
镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 最新的主流单细胞分析工具集 Milo Differential abundance testing on ......
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro ......
单细胞转录组分析新篇章：挖掘人类胚胎基因表达的神秘密码
在这份报告中，我们使用了更新的Scanpy软件包对同一数据集（GEO number GSE109555）单细胞数据进行分析。相较于鄙人2021年发表的论文《Gene expression pattern of trophoblast-specific transcription factors in ......
易基因-单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 易基因单细胞甲基化测序&单细胞转录组测序 高通量单细胞DNA甲基化测序简介 单细胞DNA甲基化组学研究很大程度上受制于建库技术，传统的文库构建方法或类似于基因组DNA的单细胞扩增技术很难应用到甲基化实验过程中。目前单细胞甲基化研究主要受 ......
单细胞转录组测序数据生物信息分析进展综述
摘要：随着单细胞测序技术的发展，生物信息学在单细胞数据分析方面取得了重要进展。本文将为生物和医学科研工作者介绍单细胞转录组测序数据生物信息分析的进展，重点介绍该领域的最新研究成果和常用软件包。 引言 单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术已经成为研究细胞异质性和功能的重要手段。为了从海量的单细胞 ......