细胞
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics用单细胞基因组学推断发育轨迹和因果规则
Inferring Developmental Trajectories and Causal Regulations with Single-cell Genomics Development is commonly regarded as a hierarchical branching pro ......
蛋白质定量技术 | Mass Spectrometry | LC-MS/MS | CyTOF | RIME | 单细胞蛋白组测序
名词解释： LC-MS - Liquid chromatography–mass spectrometry 液相色谱-质谱联用仪 CyTOF - Cytometry by time of flight - 质谱流式细胞技术 RIME - Rapid Immunoprecipitation Mass ......
Treg细胞（调节性T细胞）
转载自 分类和作用机制 根据发育来源，Treg细胞可分两类：一类是天然产生的自然Treg（nTreg），主要在胸腺分化里发育而来，算是富二代。另一类是经诱导产生的适应性Treg（iTreg），是由初始CD4+T细胞（Th0）经抗原刺激后分化发育而来，算是白手起家，肿瘤微环境中的Treg主要就是指iT ......
免疫细胞浸润百分比堆积条形图-代码
免疫细胞浸润百分比堆积条形图 该条形图展示的是每个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。 输入数据 该输入数据的每一行显示的是一个TCGA的肿瘤样本中各个免疫细胞所占的比例。每一行的数据用制表符“\t”分隔。 input.txt 代码 setwd("") #工作目录 ## 读取文件，整理 da ......
organoid | 类器官 | 培养 | 单细胞测序
单细胞是必须要做的 细胞系没有做单细胞的必要，除非是Perturb-seq； 其次就是Patient或Mouse derived Organoid了； 最后就是纯in vivo的Mouse，这个周期长门槛高； 重点来讲一下肠道类器官 Hans clever，鼻祖，YT上有ibiology的教学，可以 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制｜研究速递
双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中，双膦酸盐类药物已经引起了严重的副作用。 m6A甲基化在骨代谢疾病 ......
易基因： MeRIP-seq等从m6A RNA甲基化角度揭示NFATc1对破骨细胞的调控机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 双膦酸盐类药物是强效骨吸收抑制剂，是治疗骨质疏松症、多发性骨髓瘤、骨转移等疾病的首选药物。这些药物通过抑制甲羟戊酸通路和促进破骨细胞凋亡来促进骨吸收。双膦酸盐类药物是治疗骨质疏松症和肿瘤相关骨病的标志性药物。然而，在几十年的临床应用中， ......
拟南芥Sec14蛋白(SFH5和SFH7)介导磷脂酸在细胞器间的转运，并调控叶绿体的发育
脂质在真核光合生物的叶绿体中建立了特殊的类囊体膜，然而，从其他细胞器向叶绿体传递脂质的分子机制仍需要进一步阐明。在这里，我们揭示了拟南芥Sec14同源蛋白AtSFH5和AtSFH7在从内质网（ER）传递磷脂酸（PA）到叶绿体中的结构基础，以及它们在调控叶绿体脂质组成和类囊体发育中的功能。AtSFH5 ......
探索神秘的细胞世界：我的旅程与洞见
在我的科学探索之旅中，我深入挖掘了神秘而令人着迷的细胞世界。我尝试了解这个微观世界的各种奇迹和困惑，从细胞的再生能力到细胞的可塑性和干细胞技术的潜力。下面，我将与你分享我在这次旅程中的见解和发现。 ## 神秘的神经细胞：更新与替换的奇迹 我首先探索了神经细胞的世界。我很惊讶地发现，与长期以来的科学共 ......
易基因：MLL1/DNA低甲基化介导子宫肌层干细胞发育重编程的表观遗传机制｜组学研究
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 子宫肌瘤（uterine fibroids，UF）是生殖系统最常见的良性肿瘤，也是子宫切除手术最常见的指征。尽管患病率很高，但子宫肌瘤的确切发病机制在很大程度上仍未知。有证据表明，发育期间暴露于激素可能与子宫肌层易感UF发育有关，当发育 ......
易基因：ChIP-seq等揭示转录因子NRF1调控原始生殖细胞发育、增殖和存活的表观遗传机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 原始生殖细胞（Primordial germ cell，PGC）是生殖细胞前体，可以产生卵母细胞和精子，确保生命延续。尽管PGC特化（PGC specification）得到广泛研究，但PGC种群在出生前迁移到胚胎性腺后如何维持和扩大仍 ......
单细胞分析工具集 | 持续更新
镇楼综述： Best practices for single-cell analysis across modalities - Nature Reviews Genetics - 2023 最新的主流单细胞分析工具集 Milo Differential abundance testing on ......
易基因：RNA-BS揭示叶酸调控神经干细胞m5C修饰和mRNA翻译机制｜科研速递
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 叶酸作为一种必需B族维生素，是一种具有重要生物学功能（包括DNA甲基化调控）的甲基供体。正常的神经发育和生理对细胞叶酸水平很敏感，而叶酸缺乏或过量都可能导致神经系统疾病。最近已有研究表明叶酸与哺乳动物线粒体中tRNA m5C修饰和翻译有 ......
单细胞实战(1)数据下载-数据读取-seurat对象创建
这篇文章我们将介绍从geo数据库下载单细胞测序数据后，多种数据格式多样本情况下，如何读取数据并创建seurat对象。 本文主要结构： 一、数据下载 二、数据读取与seurat对象创建 - 单样本情况下各种格式数据的读取，读取后seurat对象的创建 - 多样本情况下各种格式数据的读取，读取后seur ......
易基因：单细胞DNA甲基化与转录组分析揭示猪生发泡卵母细胞成熟的关键调控机制｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在哺乳动物中，窦卵泡内的生发泡(germinal vesicle，GV) 卵母细胞可以保持数月或数年的静止状态。促黄体生成素(luteinizing hormone，LH)激增促进了减数分裂（meiosis）恢复，使卵母细胞获得受精后和 ......
烧死10亿脑细胞的SQL长啥样？
## 1 前言 今天在生产中碰到了一个让我十分费解的 SQL，十分有趣。 ## 2 现象 SQL 很好复现，就是逻辑看起来有点唬人 ``` postgres=# create table test(id1 int,id2 int); CREATE TABLE postgres=# insert in ......
细胞（bfs）
#include<bits/stdc++.h> using namespace std; int dx[4]={1,-1,0,0}, dy[4]={0,0,1,-1}; int bz[100][100]={1},num=0; char s[100][100],ch; bool vis[100][10 ......
流式细胞术做细胞周期分析 | Cell Cycle Analysis by Flow Cytometry
属于几大functional assays中的一个： Negative-selection competition assay CTG - proliferation colony formation assay cell cycle xenograft 如果你要深入研究一个oncogene或者TS ......
FlowJo 10 for Mac激活安装包分享 (流式细胞分析软件)
FlowJo Mac版是Mac平台上的一款流式细胞分析软件，FlowJo Mac版可以分析所有的流式仪产生的数据，简单易用， 功能强大，已经被领域内优秀的科学家，实验室广泛使用，是最好的流式数据分析软件，同时它也是各高影响力科学期刊使用最多的软 件，已经成了行业的一个标准。 软件下载：FlowJo ......
单细胞生物学基础大型语言模型scGPT
生成式预训练模型在自然语言处理（NLP）和计算机视觉等领域取得了显著的成功。 文本是由文字组成的，细胞可以用基因来表征。 NLP 和单细胞生物学之间的另一个核心相似之处是，用于训练的公开可用的单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据的规模庞大且不断增长。 NLP 模型是否也能理解单细胞生物学的 ......
FlowJo 10 Mac流式细胞分析软件
FlowJo 10是一款全功能的流式细胞分析软件，专为实验室和科研工作者设计，具有强大的荧光成像、数据分析和可视化功能。在 FlowJo 10中，用户可以创建自己的流式细胞仪并与其他实验室人员分享，同时通过标准的报告格式和图形化界面进行数据分析。FlowJo 10 Mac版还可以与 LabVIEW/ ......
小鼠大小肠表皮细胞 | 单细胞测序
2023年07月05日 分析单细胞数据已有5年的经验，但竟然没有从头生成过自己的数据。 小鼠基本是机制类探索项目的必备实验，不需要太复杂，只要简单的杂交取样即可。 小鼠模型： Aberrant cell state plasticity mediated by developmental repro ......
流式细胞文件（.fcs）结构简介
FCS一个完整的数据集主要有以下几部分： 头段（必须） 从数据集的第一个字节开始，文件的第一个数据集是从文件的第一个字节开始，最小长度为58个字节。 以ASCII码解析。 记录内容包括文件版本号（0~5共6字节）、文本段开始字节位（10~17共8字节）、文本段结束字节位（18~25共8字节）、数据段 ......
体细胞突变检测分析流程-系列1（ WES&Panel）
Sentieon●体细胞变异检测-系列1 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
加速体细胞突变检测分析流程-系列2（ctDNA等高深度样本）
Sentieon●体细胞变异检测系列-2 Sentieon 致力于解决生物信息数据分析中的速度与准确度瓶颈，通过算法的深度优化和企业级的软件工程，大幅度提升NGS数据处理的效率、准确度和可靠性。 针对体细胞变异检测，Sentieon软件提供两个模块：TNscope和TNhaplotyer2。 TNs ......
易基因： RRBS揭示基于DNA甲基化驱动基因的肾透明细胞癌预后模型的鉴定和验证｜项目文章
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 肾细胞癌（RCC）是最常见的肾癌亚型，每年超400万例新发病例，是泌尿系统恶性肿瘤导致的第二大死因。2%-70%的RCC为透明细胞RCC（Clear cell renal cell carcinoma，ccRCC）。DNA甲基化（DNA ......
易基因：小檗碱通过介导m6A mRNA甲基化调控斑马鱼肝细胞氧化应激、凋亡和自噬
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 中药小檗碱（Berberine，BBR，化学式C20H18NO4）是从几种药用植物中分离出的一种异喹啉季生物碱，包括小檗（Berberis aristata）和黄连（Coptis chinensis）。小檗碱可改善脂质代谢紊乱诱导的细胞 ......
第3关 动手实现逻辑回归 - 癌细胞精准识别
# -*- coding: utf-8 -*- import numpy as np import warnings warnings.filterwarnings("ignore") def sigmoid(x): ''' sigmoid函数 :param x: 转换前的输入 :return: 转 ......