分子
关于2023分子植物育种大会随笔记录与思考
目录智能育种转基因基因编辑育种实践 2023年底分子植物育种大会在成都举行，会后要点胡乱记录之。有些来自嘉宾观点，有些是个人思考，杂糅一起，仅供参考。 智能育种 分子设计育种：形态、生理、基因、等位基因、单倍型、基因组区段、通路、网络、表观组。统言之，生物相关分子皆可设计。 科迪华玉米GP预测（Al ......
（转）知道分子 --王朔
https://www.sohu.com/a/211055817_161835 知道分子 文 / 王朔 摘要 第一个人说的，叫“知识分子”。第二个，第三个，还有不知道隔了多少代隔了多少辈，俗称“八杆子打不着的”，都叫“知道分子”。 “知道分子”代表刊物：《读书》；代表作：《管锥篇》。 有一孩子，从小 ......
使用pytorch构建图卷积网络预测化学分子性质
在本文中，我们将通过化学的视角探索图卷积网络，我们将尝试将网络的特征与自然科学中的传统模型进行比较，并思考为什么它的工作效果要比传统的方法好。 https://avoid.overfit.cn/post/7cfa0930651b4b4cac912952d8c53d54 ......
化学 高分子材料与工程
› 专业介绍 本专业培养具有良好的思想道德素质和身体心理素质，德、智、体、美全面发展，具备高分子材料与工程基本理论与基本知识，基础扎实、知识面宽，具有创新精神和实践能力，能在高分子材料的合成、改性、成型加工等方面及其相关领域从事科学研究、技术开发、工艺和设备设计等工作，能适应地方经济和社会发展需要的 ......
计算分子生物学
计算分子生物学：算法逼近/(美)P.A.帕夫纳著/王翼飞等译.-北京：化学工业出版社，2004 235页：图；24cm ISBN 7-5025-5649-4：CNY48.00 本书覆盖了算法和组合问题的主要领域，并揭示了这些问题是如何同分子生物学和生物技术相联系的。本书包含一个内容丰富的“无公式的计 ......
警惕境外的诈骗分子——以学术交流或学术合作之名的非法分子
刚刚收到一个估计是境外分子发来的邮件，这种发给军工研究所和科研单位的寻求学术合作的邮件大概率是诈骗或其他什么非法目的的： 注意这个邮箱地址： B.VishiSingh.6421044@zhdvjd.com 说是要进行学术交流合作，还说能提供基金号，这种的一看就是非法分子，估计大概率是境外的非法势力的 ......
R软件基于k-mer 的DNA分子序列比较研究及其应用
全文链接：https://tecdat.cn/?p=34394 原文出处：拓端数据部落公众号 分析师：Xiaoqi Wu 科学技术的发展为各个领域都带来了深刻的变革，在生物学领域，随着计算机的应用，生物学与信息学的结合诞生了一门新的融合学科——生物信息学。作为生物信息学的重要研究内容之一，生物序列比 ......
探索化学之秘：PerkinElmer ChemDraw Pro 2022 - 分子结构的视觉盛宴 mac+win版
PerkinElmer ChemDraw Pro 2022是一款全球领先的化学绘图软件，为全球科研人员、教育工作者以及工业界专业人士提供了直观、高效的工具，以创建、呈现和探索分子结构与化学反应。 →→↓↓载PerkinElmer ChemDraw Pro 2022 mac/win版 一、直观的绘图界 ......
反爬指南：《孤注一掷》诈骗分子窃取用户信息的工具令人吃惊
《孤注一掷》 最近在火热上映中。影片讲述了程序员潘生在境外网络诈骗团队的高薪诱惑下被拐骗到境外“公司”，并在陆秉坤和安俊才的强迫下从事诈骗活动，最终在帮助同被欺骗的中国人安娜逃跑后，在中国警方与外国移民局合作下成功得到解救的故事。 影片中，潘生被海外工作吸引，却意外落入境外诈骗工厂。潘生在进入网络电 ......
易基因： WGBS等揭示DNA甲基化调控林地草莓植株高度和果实大小的分子机制｜植物发育
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 DNA甲基化影响基因组稳定性、转座子沉默和基因表达；它主要发生在对称CG和CHG以及不对称CHH (H = A, C或T)中的胞嘧啶上。RNA介导的DNA甲基化(RNA-directed DNA methylation，RdDM)通路调 ......
业务安全情报第22期 | 不法分子为何盗刷企业短信？
顶象防御云业务安全情报中心监测发现，某知名社交平台遭遇黑灰产大规模注册账号，账号短信接口被疯狂盗用。不仅影响正常用户操作，更带来各种威胁。 手机短信的重要性 在互联网时代，账号服务是我们日常生活中不可或缺的一部分，包括账号注册、账号登录、账号密码找回等。而手机短信验证在这些过程中起着至关重要的作用。 ......
MindSponge分子动力学模拟——Constraint约束
本文主要介绍了在MindSponge中使用SETTLE和Lincs约束算法的方法，以及相关算法的简单原理。SETTLE约束算法主要应用于水分子体系，限制的是一个等腰三角形的拓扑结构，特点是可并行，性能较好。Lincs约束算法更多的被应用在蛋白质体系，主要限制的是每一个共价键的键长，特点是适用体系比较... ......
易基因：MeRIP-seq等揭示mRNA m6A甲基化调控拟南芥的抗寒性分子机制｜植物抗逆
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 植物通过改变数千个基因的mRNA丰度以促进其生理和代谢过程，从而对低温应激进行响应。在转录后水平上，这些冷应激应答转录本经历可变剪接、microRNA介导的调控和可变多腺苷酸化等。最近研究表明，m6A、m5C等RNA修饰可以影响RNA调 ......
MindSponge分子动力学模拟——使用迭代器进行系统演化（2023.09）
在经过前面几篇博客的介绍之后，我们可以定义一些目标的分子体系，并且计算其单点能。而分子模拟的精髓就在于快速的迭代和演化，也就是本文所要介绍的迭代器相关的内容。在具备了分子系统、单点能和迭代器这三者之后，就可以正式开始进行分子动力学模拟。常见的模拟过程有：能量极小化、NVT恒温恒容过程、NPT恒温恒压... ......
MindSponge分子动力学模拟——计算单点能（2023.08）
本文主要衔接前面的文章，继“MindSponge的安装与使用”、“MindSponge软件架构”以及“MindSponge中定义一个分子系统”系列文章之后，再讲解一下如何根据一个定义好的分子系统进行力场建模，使用力场来计算单点能，就是一个比较简单的案例。 ......
MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统（2023.08）
本文通过解析MindSponge的源码实现，详细介绍了在MindSponge中Molecule基础分子类的内置属性和内置函数，以及三种相应的分子系统定义方法：我们既可以使用yaml模板文件来定义一个分子系统，也可以从mol2和pdb文件格式中直接加载一个Molecule，还可以直接使用python列... ......
MindSponge分子动力学模拟——软件架构（2023.08）
分子模拟具有众多的应用场景，比如制药领域和材料领域，做好分子模拟的工作，可以极大程度上缩减新药物新材料的研发成本和研发周期。近几年随着GPT-4和Diffusion Model的大火，让大家意识到了AI已经具备了相当的解决问题的能力。因此基于AI的框架和模型，对比AI训练与分子模拟之间的共性，可以实... ......
易基因：MeRIP-seq等揭示ALKBH5介导m6A去甲基化调控皮肤创面再上皮化分子机制
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 哺乳动物的损伤皮肤屏障完整性恢复通过创面愈合基本机制实现，这是一个包括凝血、炎症、再上皮化（re-epithelialization）、肉芽组织形成和疤痕重塑的多步骤过程。再上皮化是决定创面成功愈合的重要因素，再上皮化受损是创伤、糖尿病 ......
MindSponge分子动力学模拟——安装与使用（2023.08）
本文主要介绍MindSponge框架的免安装使用和编译构建使用这两种使用方法，MindSponge是一款可以在MindSpore上进行分子动力学模拟的，模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。通过MindSponge，我们可以在GPU上更加便捷的开发分子动力学模拟算法和应用，并且原生的... ......
几种主流的药物平台对比 | 小分子 | 抗体药 | 小核酸 | PROTAC | CRISPR
先来几个灵魂拷问： 生物医学不做药，纯做机制可以吗？预防、诊断、治疗 论治疗，每个技术平台各有什么特色？哪个平台最适合你？ 不做药就搞不到钱，更不可能成立靠谱的公司，形成一番影响力。 基础科学研究者点评各种技术： 小分子药物，最快速，在selleckchem里根据自己的靶点直接买就行，也就抗体的价1 ......
【题解】Luogu[P4711] 「化学」相对分子质量
[Link](https://www.luogu.com.cn/problem/P4711) 一道简单的模拟题，评绿可能有点高了。 因为没有括号嵌套，难度瞬间降了一个档次，我们直接对着化学式扫一遍即可。 若扫到左括号，说明接下来都是在括号内的，我们标记一下。 若扫到大写字母，说明出现了一个新的元素， ......
字符串的分数，转成分子分母相除的小数
字符串的分数，转成分子分母相除的小数 String attribute3 = "1/4";if (attribute3 != null && attribute3.length() > 0) { int index = attribute3.indexOf('/'); double x1 = Dou ......
对“美国出现的SARS-CoV-2的分子进化特征”一文的简要介绍
对“美国出现的SARS-CoV-2的分子进化特征”一文的简要介绍 冠状病毒（CoV）是一种RNA病毒，可感染人类和其他哺乳动物，可引起多种疾病，例如呼吸道、肠道、肝脏和神经系统疾病。感染人类的冠状病毒有七种类型，包括SARS-CoV、MERS-CoV、HCoV-229E、HCoV-HKU1、HCoV ......
关于多项技术在分子领域的应用
王鑫炫： 该文章介绍了一种基于R/Shiny的交互式生物学Web应用程序的开发方法和该方法的基本原理和实现细节，并提供了几个示例应用程序来演示该方法的功能和效果。该文章认为该方法可以帮助生物学家和研究人员更好地理解和分析生物学数据，并提供更好的数据可视化和交互性。 生物学数据的分析和可视化是生物学研 ......
使用numpy计算分子内坐标
本文主要介绍了在numpy的框架下实现的分子内坐标的计算，类似的方法可以应用于MindSpore和Pytorch、Jax等深度学习相关的框架中。分子的内坐标，可以更加直观的描述分子内的相对运动，通过键长键角和二面角这三个参数。 ......
分子对接
分子对接 张露 殷梦瑶 周靓 1 分子对接 1.1 定义 分子对接是指在三维空间中排列两个分子（通常是药物和受体），找到它们之间最稳定的相互作用方式，预测这种相互作用的结合自由能，以此来推测二者之间的相互作用和药效。在分子对接中，通常有一个被称为配体（ligand）的小分子和一个被称为受体（rece ......
PPTC 高分子聚合物正温度系数器件
PPTC是Polymeric Positive Temperature Coefficient的缩写，PPTC器件即高分子聚合物正温度系数器件，该器件能在电流浪涌过大、温度过高时对电路起保护作用。使用时，将其串接在电路中，在正常情况下，其阻值很小，损耗也很小，不影响电路正常工作；但若有过流（如短路） ......
气体分子动理论
现在开始讨论一个新的课题：从“物质由大量原子组成，它们之间存在着电相互作用，并遵从力学定律”这种物理观点出发，我们企图了解为什么不同的原子集合会表现出它们所具有的特色。这是一个困难的课题，它和力学和电学有着很大的不同：在学习力学和电学的过程中，我们能够从某些基本定律出发本质地理解一大批现象，再以这些 ......
易基因：ChIP-seq等揭示热休克转录因子A1b调控植物高温胁迫响应的分子机制｜应激反应
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 在拟南芥中，热休克转录因子A1b（HEAT SHOCK TRANSCRIPTION FACTORA1b，HSFA1b）通过影响种子产量来调控对环境胁迫的抗性。HSFA1b是生殖适应性的决定性因素，这种调控机制怎么形成的呢？ 2018年， ......