根系（root system）指的是植物体中所有根的总和，包括主根、侧根和须根等。它负责固定植物体、吸收水分和养分，并与土壤中的微生物进行相互作用。
根际（rhizosphere）指的是紧贴植物根系周围的一层土壤，通常厚度为几毫米到几厘米。在这个区域内，植物根系释放出大量的化合物，如有机酸、糖和氨基酸等，能够影响周围土壤的理化性质和微生物群落结构。根际土壤中的微生物与植物根系有着密切的相互作用，能够促进植物生长发育、提高养分吸收能力并增强抗病能力。
根系微生物（root microbiota）指的是直接定殖在植物根系表面或内部的微生物群落。这些微生物与植物根系有着密切的相互作用，能够影响植物的生长发育、养分吸收和抗病能力。
根际微生物（rhizosphere microbiota）指的是生活在根际土壤中的微生物群落。这些微生物受到植物根系释放的化合物的影响，并能够与植物根系进行相互作用。根际微生物能够促进植物生长发育、提高养分吸收能力并增强抗病能力。
总之，根系微生物和根际微生物都与植物根系有着密切的相互作用，但它们定殖的位置不同，前者定殖在植物根系表面或内部，后者定殖在根际土壤中。