安装 R package KEGG.db

发布时间 2023-06-14 13:47:22作者: whiffen.cann

目前我的R版本是4.0以上的,已经找不到KEGG.db 的package了,只能手动来~~

 

首先,在bioconductor 的主页搜索 KEGG.db ,然后找到在KEGG.db的页面,找到下载链接  https://bioconductor.org/packages/3.6/data/annotation/src/contrib/KEGG.db_3.2.3.tar.gz。

在我的ubuntu终端上,wget    https://bioconductor.org/packages/3.6/data/annotation/src/contrib/KEGG.db_3.2.3.tar.gz;

 

最后 ,在我的R交互命令行里,输入  install.packages("/your_path/KEGG.db_3.2.3.tar.gz",repos = NULL, type="source")
等待它安装完成:

 最后,再library(KEGG.db) 以下,检测是否安装成功。