KEGG
KEGG富集分析柱状图
KEGG富集分析柱状图 结果图展示 该条形图展示的是富集在每个Term的基因数目。Term可以是GO或者通路名称等等。FDR是矫正后的pֵ值。 输入数据 该输入数据的每一行显示的是一个Term（GO或通路）中富集到的基因数目、比例、P值。每一行的数据用制表符“\t”分隔。 input.txt 代码 ......
批量获取www.kegg.jp的数据
代码如下： import requests from bs4 import BeautifulSoup import re def visit2(url): response = requests.get(url) # 检查响应是否成功 if response.status_code == 200: ......
KEGG level
在宏基因组分析中，KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个常用的生物信息学工具，用于对基因功能和代谢通路进行分析。KEGG数据库将基因和蛋白质与生物通路和代谢途径相关联，以帮助研究人员理解生物体内的分子机制。 "KEGG level" 是指KE ......
为什么做GO/KEGG富集分析
在进行差异表达分析的时候，我们会得到很多的差异表达基因，富集分析可以把这些差异基因概述成整体事件。A信号通路与症状有关，而不是A1/A2/A3等基因与症状有关。GO和KEGG就是基于不同的分类，而储存的基因相关功能的数据库。 利用GO数据库，我们就可以得到我们的目标基因在CC, MF和BP三个层面上 ......
安装 R package KEGG.db
目前我的R版本是4.0以上的，已经找不到KEGG.db 的package了，只能手动来~~ 首先，在bioconductor 的主页搜索 KEGG.db ，然后找到在KEGG.db的页面，找到下载链接 https://bioconductor.org/packages/3.6/data/annota ......