关于水稻SNP的填充面板(Imputation Panel)

发布时间 2023-04-18 19:33:57作者: 米源MY

最近在想,水稻起码已经测序了上万份材料,为什么还没有开发出一个像样的imputation panel?

网上一查,实际上很多人有想过,有做过,也发表过高水平文章。

比如3K数据一发表,康奈尔大学的Susan McCouch就在NC上发表了panel及其imputation pipeline。

An imputation platform to enhance integration of rice genetic resources

image.png

可惜,服务器早就挂了: http://rice-impute.biotech.cornell.edu.

目前能找到的一个水稻填充面板是杨庆勇老师2021年开发的Plant-ImputeDB:http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB#!/

模仿了2019年发表的动物Animal-ImputeDB:http://gong_lab.hzau.edu.cn/Animal_ImputeDB#!/

image.png

实际上所用到的材料数目并不多,只有3千多份,估计深度也不会太高。希望这个服务器坚挺,更希望有后来者来完善这个工作,我觉得对于降低成本做育种而言还是挺有意义的。若是在科研单位,我就很想去做这个事情。