SNP
linux shell实现计算SNP在指定群体的ROH片段中出现的频率
001、ROH 检测 [s20213040583@admin1 test]$ ls ## 测试文件 outcome.map outcome.ped ## plink软件检测 [s20213040583@admin1 test]$ plink --file outcome --homozyg --ho ......
SNP间的上位效应
传统的全基因组关联分析（GWAS）计算的是单个SNP与表型的相关性，除此之外，我们还可以进行SNP之间的互作效应与表型的相关性分析。 上位效应的公式为：Y ~ b0 + b1.A + b2.B + b3.AB + e Y为表型，A和B分别为两个变异位点，在GWAS中通常指SNP，如果b3为显著，则说 ......
生信教程：使用全基因组SNP数据进行ABBA-BABA分析
动动发财的小手，点个赞吧！ 简介 ABBA BABA 统计（也称为“D 统计”）为偏离严格的分叉进化历史提供了简单而有力的测试。因此，它们经常用于使用基因组规模的 SNP 数据（例如来自全基因组测序或 RADseq）来测试基因渗入。 在本次实践中，我们将结合使用可用软件和一些用 R 从头编写的代码来 ......
SNP位点前后各50kb区间的基因
#!/usr/bin/perluse strict;use warnings;use Tie::File; my %genes;my @lines; tie @lines, 'Tie::File', 'D:\\Desktop\\3.txt' or die "Cannot open file: $!\ ......
SNP
核苷酸： 核苷酸是构成核酸（DNA和RNA）的基本组成单位。它是由三个组成部分组成：一个含氮碱基、一个五碳糖（核糖或脱氧核糖）和一个磷酸基团。 在DNA中，四种碱基包括腺嘌呤（adenine，简称A）、鸟嘌呤（guanine，简称G）、胸腺嘧啶（thymine，简称T）和胞嘧啶（cytosine，简 ......
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究
基于第三代测序技术的基因组SNP和Indel变异检测关键算法研究 廖小青 哈尔滨工业大学 摘要：随着生活水平的提升,人们对于自身的好奇促使人们对基因进行研究。其中,变异是人类疾病的一个重要诱因,对变异进行研究可以推动基础生物学和医学的发展。相比于大区域基因组的结构变异,SNP和Indel变异这种小区 ......
R语言实现GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化
GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化 根据GWAS得到的Rresult文件信息，能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息，接下来，需要根据表格中的信息进行归纳总结，对不同显著性层次进行区分，找出可能性最大的点，过程比较繁琐。 这里笔者分享一个算法，使统计SNP和变异类型变的更 ......
plink 软件中 --set-missing-var-ids参数实现对缺失的snp位点命名
001、测试数据 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.map a.ped (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.map 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6 ......
关于水稻SNP的填充面板（Imputation Panel）
最近在想，水稻起码已经测序了上万份材料，为什么还没有开发出一个像样的imputation panel？ 网上一查，实际上很多人有想过，有做过，也发表过高水平文章。 比如3K数据一发表，康奈尔大学的Susan McCouch就在NC上发表了panel及其imputation pipeline。 An ......