泛基因组组装方法分类

发布时间 2023-08-01 12:04:29作者: 小鲨鱼2018

 

001、迭代组装; 个体测序数据和参考基因组比对,提取未比对到参考基因组的序列,组装为contig,和参考基因组合并构成泛基因组。(依赖参考基因组)

 

002、map-to-pan; 个体测序数据组装成contig,然后和参考基因组比对,提取未比对到参考基因组的序列, 和参考基因组合并构成泛基因组。(依赖参考基因组)

 

003、多个体 denovo;每个个体先组装为基因组,然后相互比对,获取非冗余的泛基因组。(不依赖参考基因组)

 

004、图形泛基因组;以参考基因组为框架,将其他个体材料基因组序列与之比对,存在差异的地方构成不同的分支,并随着新序列的加入不断扩展变化,最终构建出一个包含全部变异信息的复杂图形结构(依赖参考基因组)