有两种安装方式，官网提供的是docker版本，这里就以官网安装教程为主。
硬件：CPU：i9-13900k GPU:RTX 4090 内存：64G 硬盘：16T
系统&环境：Ubuntu 22.04.3 LTS，【gcc，g++，gfortran】10.5.0，CUDA 11.2，cmake 3.2.1，显卡驱动是安装好的-参考
软件：Anaconda3
安装过程：
1、安装Docker（https://docs.docker.com/desktop/）如图1，并且可以以非sudo 权限（安装教程：https://docs.docker.com/engine/install/linux-postinstall/）运行
https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/
https://www.51cto.com/article/715086.html
2、下载序列文件
（1）Clone this repository and cd into it.
git clone https://github.com/deepmind/alphafold.git
cd ./alphafold
（2）下载序列文件
scripts/download_all_data.sh <DOWNLOAD_DIR> > download.log 2> download_all.log &
需要下载556G的文件数据，看scripts/download_all_data.sh 文件中的内容发现它是串行下载的（应该很容易改成并行下载，但是我没改）。在下载过程中很容易会报错误中断下载，但是好处是你重新下载的话，它会从中断的位置继续下载。
所以我是在下载中断的时候看下下载到哪一个文件了，然后将前面的注释掉，这样就能保证不会重复下载。
中间电脑显卡还出了问题送去检修了一段时间，断断续续的下载了20天左右（哈哈o(╥﹏╥)o）
3、检查Alphafold可以使用GPU
在我的配置下，使用的是：docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:12.2.0-base-ubuntu22.04 nvidia-smi
结果报错：docker: Error response from daemon: could not select device driver "" with capabilities: [[gpu]].
经检查发现是NVIDIA Container Toolkit未执行好，于是点进去，重新安装：
然后执行system restart docker，可以运行：
参考：https://blog.csdn.net/ys5773477/article/details/133642150
4、……还在进行
N、运行
照着官网给的示例指令跑就行，注意，生成的结果文件要是绝对路径，不能是相对路径。
以 13900k+4090（24GB显存）+ 64GB内存的配置来说，构建模型时长大概如下。
XXX个残基 生成五个模型 XXmin
整体参考：
https://www.bilibili.com/video/BV1Jm4y1V7JK/?vd_source=a9792134af400d0e2440e4ed09581d45
https://www.bilibili.com/read/cv26467969/