有时候需要手动拆分demultiplexing fastq
- 你递交给测序商的index是不对的，得到的只有Undetermined fastq；
- 类似10x的库，有非常多的index需要拆分；
一个现成的工具：demultiplex
需要先构建一个tsv index文件：ATACSeq_oligos.txt
默认index在read name里
这里我们的index在read本身，所以用了参数-r，然后index所在的fastq要放在第一位，而不是第二位。
demultiplex demux -r -s 1 ATACSeq_oligos.txt Undetermined_Undetermined_22GFCYLT3_L4_2.fq.gz Undetermined_Undetermined_22GFCYLT3_L4_1.fq.gz
注意，gzip压缩非常耗时，所以非常不建议处理gz的文件，最好先解压缩为fastq文件。
另一个可以参考的工具：https://github.com/Molmed/fastq_demux