JTS解决了空间对象之间拓扑关系的判定和计算，并提供很多有用的算法来解决对象的面积，长度等等的问题，是处理空间数据图形关系非常好的解决方案。(原来是商业公司Vivid Solutions做的，目前已经免费开源贡献给org.locationtech开源组织了）。
GeoTools不仅仅是jts算法的实现，而且还提供了生成地图、地图渲染等，它是一个更加强大的库。之前说过，它可以说是geoserver的心脏。
综上所述，jts只是geotools的一个子集。当然，这个子集非常重要，但是geotools更厉害的地方在于它对于各种gis格式文件读写、地图渲染的，我认为才是让它区别于jts的地方，是它独特的地方。[并不是gis空间分析算法让它与Jts产生分别，这方面它和jts是一脉相承的，但是它对于各种文件的读写支持，对于地图的渲染的实现，才让它变得与众(jts,gdal..)不同。]