日本为全民医保制度，主要分为两大类，公司职员加入“社会保险”，个体户或用养老金生活的老年人加入“国民健康保险”。一般情况下患者在窗口只要支付总医疗费的3成，70~74岁和小学生以下为2成，75岁以上有“后期高龄者医疗制度”，只要交1成即可。
医院在每个月10号之前将上个月整月的需要医保支付的账单转给审查机构核查，审查结果或者确认无误或者打回医院修改，之后再将账单转给医保机构来支付医院。
日本医疗费用
医疗费用全国统一价格，费用整体有5000多种细项，基本上分为基础诊疗费和特殊诊疗费。基础诊疗费又有两种，分别是初诊费和复诊费。特殊诊疗费有13大类，比如医学管理费（医生对患者进行医学指导）、检查费、配药费、手术费等等。
各项费用在账单里以点数（得分）表示，每1点等于10日元。比如初诊费为288点（2880日元），如果是正常白天工作时间外、深夜、节假日或者婴幼儿就诊等情况下，还会附加一些费用，比如6岁以下儿童就诊的费用为（288+75点），从而正确反映出所提供的医疗服务的难易度或多寡。
对于复诊费，根据医院规模不同，价格不同，中小型（200病床以下）除了可以收取复诊费73点之外，比如尿检等会再单独收费，大医院收费也是73点，但是这其中却要自行消化掉一些基础的处理或检查费用。这是日本政府为了调节不同规模大小医院的功能，希望大医院能专注于需要专业治疗的患者，而将复诊这种病情比较稳定的患者交给中小型医院治疗。所以大医院复诊相对收费低是为了不鼓励他们接收复诊患者，而是将病情稳定的复诊患者介绍到其他中小型医疗机构。
此外，医院根据情况还可以收取各种国家规定的附加费用，从而通过这种费用奖励来引导医院的诊疗行为。比如，随着新冠疫情的出现，为了促进医院提高传染病防治水平，同时与同地区内的其他医疗结构通过共享传染病信息等方式强化地区级别的传染病防治水平，医疗费中也增加了“门诊防疫措施完善附加费（额外加6点费用）”等费用，让防疫措施完善的医院能得到相应的补偿。另外还有“居家患者诊疗指导费”等新收费项目，从而鼓励医院提供更灵活的服务来应对老龄化社会的需求。
日本基本上做到了医药分离，患者大部分情况下是拿着医院的处方去院外药房买药。
为了避免医生一次性开多种药，产生更大的药物相互作用的风险，一张处方开7种以上药物时可以收取的处方费（29点）比开少量药物是要低的（42点）。
2022年开始，日本允许处方重复利用（refill），但上限为3次。从而减轻医生与患者重复开相同药的负担。
各种细节费用上比如注射方式不同收费不同，外伤处理的包扎面积不同收费不同，心肺复苏操作时间越长费用越高等。
拥有20张及以上病床的医疗机构被称为医院，没有病床或低于20张的被称为诊所。截至2021年11月，每天住院的患者全国大概有120万人，占到总病床数的80%。住院部被分为三类：普通、康复和长期疗养类。普通住院部接收急性期的患者，根据配置的护士数不同，费用不同。
DPC（diagnosis procedure combination）、PDPS（Per Diem payment system）制度
相对于合计每次具体的治疗处理的费用形成总费用，DPC是按照病种采取的固定费用计算方式。日本在2022年4月约有20%的医院采取了DPC支付方式。这一制度进针对急性期医疗（非康复），由普通医院提出申请后加入该制度。
这一制度的好处是一方面减少了繁琐的收费计算，一方面促进不同的医院对于相同的病种提供相同的医疗服务，防止过度医疗等。
但是DPC也有按量单收费的部分，也就是说固定费用是普通的注射、给药、检查、影像诊断、住院费等，按量收费的是医生的初诊费、手术和麻醉费、放疗费和病理诊断等。
每个患者会有一个DPC编码，该编码是14位的数字，其中含有病种、患者年龄、是否有手术等信息。
DPC的住院费的总点数根据病人的住院期不同，住院日首日至第8天的费用较高，第9~16天稍低，16天以后更低，这样是为了促进医院及早将病人治疗完。此外，根据医院规模不同，每个医院又有自己的基础系数，可以在患者普通收费点数的基础上乘以该系数进行收费。比如大学附属医院系数最高，是1.1249，此外还有效率系数以激励医院尽量减少住院时间，由复杂性系数以照顾可以接收重症患者的医院。住院费中的餐费也是全国固定，可以算在总治疗费中，部分由医保报销。费用计算上有一些特殊的情况，比如在康复病房住院时，检查和医学影像服务的费用会包含在住院费里，不单独收取；2018年开始对于入住疗养病房的65岁以上患者需要自付居住费（370日元每天）。
为了完善能24小时进行居家医疗的机制，医院或诊所可以申请成为支持居家医疗的特殊医院，通过“紧急出诊”和“定期出诊”两种方式提供上门诊疗服务。这一申请需要满足一定条件，比如医疗机构本身可以接收紧急住院，医院规模的话则是病床数小于200个或半径4公里内没有其他诊所。这种出诊模式下，会加收出诊的费用。出诊对象如果是老人院等一次性可以在同一地方诊疗多个患者的地方时，相应的医学综合管理费等比单看一个病人要便宜。
对于医院计算医疗费用，除满足诊疗直接相关的费用标准外，医疗机构也必须满足机构标准要求（比如有多少年经验的医生有多少人，护士有多少人），否则也无法申请医保报销。机构标准中也包含比如住院日期的上限（急性期普通医院住院时为最长18天）等标准。
减少患者负担的措施
比如饭费，住院患者每餐自付460日元，医保承担180日元。如果罹患的是法律规定的大病，那么每餐只需自付260日元，1类低收入者只需承担100日元。
65岁以上老人的住院居住费也可以由保险承担一部分。
另外还有高额疗养费制度，即过高的医疗费用可以不由个人承担。比如对于70岁以下每月医疗费为100万日元时，按照普通医保报销，个人需要承担30万日元，但在高额疗养制度下，年收入在370万~770万日元之间的患者，在医疗费总额26.7万日元以下的费用需要自付其中的3成，超出的部分只需承担1%。即总额100万日元时只需支付26.7万0.3+73.3万0.01=87430日元。但是餐费和居住费不在此比例报销范围内。
大病医疗补助：对于国家规定的338种大病，患者可以申请指定大病的报销资格，该资格证需要每年申请一次，申请通过后可以在指定的医疗机构就诊、接收大病医疗费补助。这种大病医保根据患者的收入层次，指定每个月个人负担的最高限额。比如年收入在80万日元以下的患者，每月最高负担费用只需2500日元。并且这个费用和使用普通医保的情况下的金额相比，要比普通医保时要交的费用高的话，那么只需交其中费用更低的普通医保适用时的费用。
儿童医疗补助：全国各个行政区域的补助程度不同，有的是完全免费，有的是象征性地收费，且负担的儿童的年龄上限各地有所不同，但一般情况下高中生以下都会包含在医疗补助中。
分娩补助：顺产情况下的费用不在医保范围内，但是各地均有补助，日本全国的分娩费用平均在46万日元，政府补助的“分娩育儿临时补助金”大约是42万日元。并且企业员工在休产假时还能收到类似于工资的“分娩补助金”。
关于药房开药的费用，一般包括药物本身的费用，配药费用，药剂师费用等。日本也在推家庭药剂师制度，以让患者有对自己患病及服药情况更懂的药剂师。药品本身的费用全国一致，但配药的费用根据药房的规模（比如是否连锁店等）而不同。如果患者在3个月以内重新开药，并且能够出示之前的服药注意事项手册，那么配药费就会低一些，因为这样药剂师就不用进行详细的服药指导。
保险外的费用，普通定期体检是日本政府支持的，但是精密的全身体检是医保对象以外。交通事故相关的医疗费用有类似交强险承担，工伤有工伤保险承担。整容等也均在医保范围外，且医保一般不支持医保和非医保诊疗项目混合在一起，但是某些特殊情况除外，比如自选疗养（选择更好的医院住院环境）、使用尚未获批的药物治疗重大疾病等情况下，是可以将医保内项目和医保外项目混在一起接收诊疗的。