k-mer

发布时间 2023-04-18 19:59:06作者: 王哲MGG_AI

k-mer是一种用于描述序列数据的概念。在生物信息学中,k-mer通常指的是长度为k的连续子序列。例如,在dna序列中,4-mer(k=4)是四个连续的碱基;在蛋白质序列中,3-mer(k=3)是三个相邻的氨基酸。

k-mer在基因组学、转录组学和蛋白质组学等领域中广泛使用。它们可以用于许多任务,例如:序列比对、元件寻找、物种识别和功能注释等。通常,越长的k-mer能提供更多的信息,但也可能会使计算变得更加复杂和耗时。