学部和学院的区别在于级别、规模等上的不同。学部制是超越学院层级的更高起点、更高标准、更高要求的一种开放式学科组织。在综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成学部。即院务会议领导下的学术指导、科研组织和协调机构。
级别不同：学部制是超越学院层次的一种开放式跨学科组织。综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成“学部”。
学院包含两层意思，第一种是比大学规模较小的高校，通常学科门类相对较少的高校，这类高校下面还可设立二级学院和系。第二种是在大学中设置的二级学院，学院一般包含多个相近的学科专业或学系。
系是高学校按照专业性设置教学行政组织。级别上一般低于学院，一个系一般设一个或几个性质相近的专业。一般两至三个系组成一个学院，也有规模较大与学院平级的直属系。
规模不同：一般来说，在规模上呈现学部＞学院＞系的情形。
中外高校设置不同：学部制起源于欧洲，在欧美及日本大部分著名高校均采用学部制，逐渐形成类似大学——学部——系——研究所的高校学术组织架构。
在中国，大陆学校中少有设置学部的情况，多为大学——学院（直属系）——系——实验室的学术组织架构。
有关统计资料显示，美国大学内的教学科研实体学院的设置平均数为9个以下，英国大学不超过10个。而由于种种原因，中国大学在探索“学院制”的进程中，二级实体院系设置数普遍在20个以上，不少学校在30个左右，少数学校甚至在40个以上。
随着市场经济的发展和科学技术综合发展的趋势，高校的管理体制尤其目前的学院制已成为制约高校科学发展的瓶颈，故而我国高校也在推行或酝酿学部制改革，有人称之为高校的“大部制”改革。
学部制度的建立为整合优质资源，促进学科的交叉融合提供了有益尝试，同时也是进一步彰显高校学术权力，落实教授治学的重要举措。当前，由于“学部制”在国内大学才刚刚兴起，尚处于试行过程中，诸多政策举措还不够完善，改革成效也未完全显现，有待接受时间的考验。
学部建立后，其主要职能体现在以下五个方面：一是制订学部发展(主要是学科发展)的宏观规划；二是协调学部所属各院系的工作；三是统筹重大科研项目，组织建设跨院系交叉研究机构；四是督促所属各系落实学校、学部制订的政策、规划、规定等；五是负责人才队伍建设和学术建设。
有些大学的学部虽兼有行政和学术的职能，但学部的主要职能体现在学科建设方面。北京师范大学组建教育学部之后，学校把更多的管理权下放到教育学部。行政管理方面的职能，由学部行政部门统一行使；学术研究方面的事务，则完全以教师为主进行管理。?
事实上，在现有大学体制下进行适度的体制改革并不难。像文、史、哲三个学院合并，成立人文学院；数、理、化三个学院成立理学院；工科学院合并成立工学院，等等。然后将原学院降格为系，不再设立行政级别。
为了整合学术资源需要，可以成立纯粹学术性质的研究院所或研究中心，以兼职、虚体的形式运作。当然，保存现有院系建制，做到暂时稳定，然后从精简行政机关开始，对行政人员实行全员聘任制，则更符合大学管理的理念和大学的精神。