OTU（Operational Taxonomic Unit，操作分类单元）是一种在微生物学和生态学研究中常用的概念，用于表示在分子生物学分析中将微生物序列聚类为群落的基本单位。
在微生物群落分析中，研究者通常使用高通量测序技术（如16S rRNA基因测序）或基于DNA片段的元转录组测序来获取微生物样本中的序列信息。由于微生物群落中存在着大量的微生物物种和基因组的差异，将每个序列都与已知的参考数据库进行比对和分类是非常耗时且困难的。为了简化分析过程，研究者通常将相似的序列聚类在一起，形成OTU。
OTU可以看作是微生物群落中的一个代表性单位，其中包含具有相似序列的微生物。聚类方法通常使用阈值来决定将哪些序列归类为同一个OTU。常用的聚类算法包括基于相似度的聚类方法，如97%的相似度阈值。
OTU的概念使得研究者能够从复杂的微生物群落中获得简化的代表性单位，以便进行多样性分析、物种组成研究和生态功能推断等研究。虽然OTU并不等同于真实的物种，但它们在微生物群落研究中提供了一种方便和可操作的方法来分析和比较微生物组成及其变化。