526互联

OTU

将每一个OTU拆分成不同的分类级别

import pandas as pd # 读取OTU表 otu_df = pd.read_csv('C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\1.txt', header=None) # 创建一个空的DataFrame来存储结果 df = pd.DataFrame(co ......
级别 OTU

R : 生成一个堆叠图用于展示OTU在不同分类水平上的相对丰度，并结合一个聚类树进行可视化

setwd("E:\\中国农业科学院\\20220927宏基因组教学\\02后期分析\\01堆叠图")rm(list = ls())library(tidyverse)library(ggplot2)library(ggtree)library(treeio)library(ggsci)librar ......
丰度 水平 OTU

Perl：OTU表转置并计算相对丰度

###将正常OTU表转置后运算该脚本####open IN,"E:\\16s\\06classify-Silva\\门纲目科属种-相对丰度\\table.l2.txt";open OUT,">E:\\扩正子结果2021\\qiime2分析结果\\16s\\06classify-Silva\\门纲目科 ......
丰度 Perl OTU

OTU的概念

OTU（Operational Taxonomic Unit，操作分类单元）是一种在微生物学和生态学研究中常用的概念，用于表示在分子生物学分析中将微生物序列聚类为群落的基本单位。 在微生物群落分析中，研究者通常使用高通量测序技术（如16S rRNA基因测序）或基于DNA片段的元转录组测序来获取微生物 ......
概念 OTU
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