plink
GWAS：plink进行meta分析
之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。 命令如下所示： plink --meta-analysis gwas1.plink gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-f ......
PLINK文件格式
PLINK文件格式是Plink软件使用的一种常见的文件格式，用于存储基因型数据和相关信息。PLINK文件格式包括两个主要文件：PED文件和MAP文件。 PED文件（.ped）：PED文件是以纯文本形式存储的基因型数据文件，每一行表示一个个体的基因型信息。PED文件的每一列对应于一个基因座（SNP）， ......
plink这是啥
Plink（整体用大写字母 PLINK 表示）是一种用于进行遗传数据分析的开源软件。 它是一个功能强大且广泛使用的工具，主要用于关联分析、基因型质量控制、遗传多样性分析、遗传模型拟合等。 Plink 最初是作为一个基因关联研究工具开发的，可以帮助研究人员在基因组数据中寻找与特定性状或疾病相关的基因变 ......
Plink中，BGEN格式的数据如何用
这里，介绍一下BGEN格式的数据，他的文件格式是这样的：a.bgen，这是一个新的数据格式，目前应用不如plink的二进制文件：.bim,.bed,.fam。这里介绍一下如何相互转换。 1. bgen格式介绍现代遗传关联研究通常使用数万至数十万个体的数据，这些数据是全基因组数千万标记的基因分型或估算 ......
plink 软件中 --set-missing-var-ids参数实现对缺失的snp位点命名
001、测试数据 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.map a.ped (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.map 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6 ......