samtools

要使用conda安装bwa，您可以按照以下步骤进行操作： 首先，确保您已经安装了Anaconda或Miniconda。如果您尚未安装，请前往Anaconda官方网站（https://www.anaconda.com）或Miniconda官方网站（https://docs.conda.io/en/la ......

001、使用命令 及生成结果 samtools flagstat -@ 56 ERR3143219.sort.bam > flagstat.txt ## samtools flagstat统计 002、输出结果解读 (base) [b20223040323@admin1 test]$ cat fla ......

001、问题：conda安装samtools后调用出现如下报错： samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or d ......

001、 (base) [b20223040323@admin1 test]$ ls ERR2985610.sorted.markdup.bam ## 1 线程 (base) [b20223040323@admin1 test]$ time samtools index -@ 1 ERR298561 ......

001、 (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ ls ## 测试sam文件 template.slurm test.sam (base) [b20223040323@admin1 batch_test02]$ cat template.slurm ## ......

001、 按照默认方式排序，并输出bam samtools sort -o output.bam input.bam 002、 按照read name方式排序，并输出bam amtools sort -n -o output.bam input.bam 。 ......

001、生成统计文件 [root@PC1 test01]# ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.bam [root@PC1 test01]# samtools flagstat SRR21814498.sorted.bam > stat.txt ## 生成统计文件 [r ......

001、问题 002、解决方法 [root@PC1 test4]# which samtools /root/anaconda3/bin/samtools [root@PC1 test4]# cd /root/anaconda3/lib [root@PC1 lib]# [root@PC1 lib]# ......