salmon快速基因和转录本定量 | isoform

发布时间 2023-09-02 07:37:11作者: Life·Intelligence

参考前篇:可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon

salmon的定量是不基于序列比对的

Salmon基因定量是一种常用于RNA测序(RNA-seq)数据分析的方法,其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 相比传统的基于比对的方法,它可以更准确地识别和量化转录本,并且能够更好地处理多样性的剪切形式。

 

我的目的有两个:

  1. 基因水平的快速定量
  2. 转录本/exon水平的快速定量

  

conda search salmon -c bioconda
conda install -c bioconda salmon=1.10.2

 

conda  create --name RNAseq -c bioconda salmon=1.10.2

  

  

 

 

参考: