参考前篇:可变剪切 | isoform | PSI | 单细胞 | suppa | salmon
salmon的定量是不基于序列比对的
Salmon基因定量是一种常用于RNA测序(RNA-seq)数据分析的方法,其原理是利用贝叶斯统计模型从RNA-seq reads中预测不同转录本或基因的表达量。 相比传统的基于比对的方法,它可以更准确地识别和量化转录本,并且能够更好地处理多样性的剪切形式。
我的目的有两个:
- 基因水平的快速定量
- 转录本/exon水平的快速定量
conda search salmon -c bioconda conda install -c bioconda salmon=1.10.2
conda create --name RNAseq -c bioconda salmon=1.10.2
参考: