python中SeqIO模块处理fasta文件

发布时间 2023-08-17 16:07:03作者: 小鲨鱼2018

 

001、分别输出染色体ID、序列和序列的长度

[root@PC1 test02]# ls
a.fa  test.py
[root@PC1 test02]# cat a.fa           ## 测试数据
>seq1
AGAAGGGG
>seq2
AAACCTTTT
>seq3
AAATTTCCGG
[root@PC1 test02]# cat test.py        ## 程序
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

from Bio import SeqIO
for i in SeqIO.parse("a.fa", "fasta"):
        print(i.id)
        print(i.seq)
        print(len(i))

 

002、测试程序效果

[root@PC1 test02]# ls
a.fa  test.py
[root@PC1 test02]# cat a.fa           ## 测试程序
>seq1
AGAAGGGG
>seq2
AAACCTTTT
>seq3
AAATTTCCGG
[root@PC1 test02]# python3 test.py     ## 执行程序, 分别输出染色体ID、序列和序列的长度
seq1
AGAAGGGG
8
seq2
AAACCTTTT
9
seq3
AAATTTCCGG
10

。