fasta

001、 借助数组实现 [root@pc1 test]# ls a.fa [root@pc1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgg ttcc >chr2 ttccc >chr3 tttc cct ## 统计脚本 [root@pc1 test]# aw ......

001、测试数据 [root@pc1 test]# ls a.txt [root@pc1 test]# cat a.txt ## 测试数据 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf71800034 ......

比如一个Fasta文件的内容如下： seq001|aaa ATCGGGG seq002|bbb AAAATTTT 删除序列名称中“|”后的内容，只保留seq001, seq002这样的名称 点击查看代码 #!/usr/bin/env python import sys import pysam wi ......

001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa rm.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 aaaaatt ......

001、 (base) [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py (base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttgggjjj cccjjjjjj >chr3 ccc >chr4 a ......

001、 a、 [root@pc1 test1]# ls a.fa test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [root@pc1 ......

001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list test.py [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [ ......

001、 [root@pc1 test1]# ls a.fa chr.list [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta >chr1 tttcccggg >chr2 tttggg ccc >chr3 cccttt >chr4 aaaaattt [root@pc1 t ......

001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt ## 测试文件 >jcf7180003470556 2 7 >jcf7180003470556 3 8 >jcf7180003470552 4 9 6 >jcf7180003470 ......

[上一篇](https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/16842120.html)博文中写到出了这个小工具，现在更新到0.2.4了，新增了一些子命令。有seqtk，seqkit等好用的工具珠玉在前，还写这个主要是学习和熟悉rust这门语言的基础语法了，写出来自己玩儿咯。 # ......

001、分别输出染色体ID、序列和序列的长度 [root@PC1 test02]# ls a.fa test.py [root@PC1 test02]# cat a.fa ## 测试数据 >seq1 AGAAGGGG >seq2 AAACCTTTT >seq3 AAATTTCCGG [root@PC ......

001、 [root@PC1 test2]# cat a.fa ## 测试fasta文件 >chr1 aattccgggttgggcccyujjjttt ddeeeegghggii >chr2 8883dsfdkkkfftteeessskkk aaadddfffgggcccgggt33 ddggee ......