前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。
基本信息
标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种Jack的完整参考基因组)
杂志：Plant Communications,2023
通讯作者: 张建伟， Monica A. Schmidt
单位：华中农业大学
推测分析基本上是张建伟老师团队做的，另一通讯提供了材料。
背景
大豆是一种全球性的商品，因其可食用的蛋白质和植物油而受到青睐。第一个大豆基因组组装的栽培品种是Williams 82 (WM82)，不同品种/种源/栽培品种之间的变异性表明需要获取常用大豆品种的基因组信息。
CRISPR/Cas基因组编辑技术的进展强调了提高大豆转化效率仍然是实现其功能基因组学应用的最大障碍。大豆品种Jack由于其适应性强、易于操作和快速再生等特点，已成为研究大豆种子特性的理想品种，被广泛用作开发新种子性状的模型。
方法
PacBio HiFi等数据和enome Puzzle Master；DEGAP（自己开发的？）等软件组装。
荧光原位杂交（FISH）来验证Chr10三联体（该基因组在Chr10特有的三重重复区）。
将完整的组装Gmax-GtJack-RS1与多个已知的大豆基因组进行比较，包括WM82、WM82-NJAU、JD17和ZH13。鉴定出了各种结构变异，如倒位、易位和重复。此外，通过PCR验证，确认了Jack基因组中插入缺失的存在。
结果
完整的大豆Jack基因组分五个阶段进行组装。组装大小1,011,764,152bp。
BUSCO评估98.3%，组装的错误率低于0.03%。
鉴定了所有着丝粒，估计222个基因位于这个高度重复的着丝粒区域内，有23个基因位于高度重复的端粒区域。
Jack基因组中的一个基因的破坏导致编码蛋白与WM82相比出现了明显的结构变化。Jack基因组还包含与WM82组装中未解决区域相对应的基因。
转座子元件（TE）和其他重复序列的大豆品种Jack基因组注释鉴定了266,033个TE，共构成360,889,913bp。
在完整的大豆品种Jack基因组中，有63703个基因被注释。与已发表的Wm82.a4.v1注释相比，16,914个被认为是新注释的基因，因为它们在Wm82注释中没有同源物。其中一些基因反映了这两个品种之间的独特差异，包括具有独特功能的逆转录酶和细胞色素P450。
与WM82基因组的成对比较显示了差异基因数，Jack基因组揭示了337个以前在重复区域中未解决的基因，包括WM82中的着丝粒、端粒和间隙区域。
碎碎念
在T2T和泛基因组的路上，肯定还有不少撞车的。像这篇文章还好，有自己独特的品种特性，不至于跟主流参考基因组发生直撞。如果是同一品种，就自认倒霉吧。
所以，我们在做这种项目之前，最好还是打听打听，不然容易费钱费力不讨好。另外，这Plant Com这么好发的吗？
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