001、线性泛基因组
仅仅包含序列信息。
迭代组装、map-to-pan、个体de novo组装的泛基因组均是线性泛基因组。
002、图形泛基因组
图结构泛基因组是一个二维序列图谱，它以参考基因组为框架，以单个碱基作为图的节点，碱基间的前后关系作为图的边，存在序列差异的地方会自然形成不同的分支，呈现出一个图结构。这个图结构基因组可以依据新序列的加入不断扩展变化，最终它将会成为一个符合全物种的泛基因组图谱 。这种展示形式可以包含变异的嵌套，将同一位置的变异整合而不是单独占据一个区域，从而达到将所有变异精确纳入图谱的效果。这使得物种内大量复杂的变异可以紧凑的形式呈现。目前已有大量软件被开发用于这种图结构泛基因组的分析 ，如 vg、minigraph、GraphType2等，并且已在动植物基因组学研究中得到了初步应用。
reference;
[1]边培培,张禹,姜雨.泛基因组:高质量参考基因组的新标准[J].遗传, 2021, 43(11):15.DOI:10.16288/j.yczz.21-214.