Scanpy

单细胞数据分析发展到现在，已经分化为两大阵营，Seurat和Scanpy，一个代表了R，有丰富的多组学package支持，一个代表了Python，为大数据和AI而生，都有其各自独特的优势，不可被取代。 作为资深用户就很烦了，懂一个是不行的，必须两个都用，所以R和Python语言你必须都精通，否则非常 ......

### 1. 脚本主要内容 * 批量读取下机数据 * 计算双细胞比例 * BBKNN去除批次效应 * 去除细胞周期的影响 * 转换为seurat对象 ### 2. 脚本 点击查看代码 ``` import scanpy as sc import anndata as an import pandas ......

Scanpy是一个用于单细胞转录组学数据分析的强大Python库。它提供了一套完整的分析工具，从预处理到可视化和解释结果。以下是Scanpy的一些主要功能和使用方法： 1. 数据预处理：Scanpy可以对原始单细胞测序数据进行过滤、归一化、缩放等操作，以提高后续分析的准确性。 2. 降维：Scanp ......