VCF
如何快速纠正VCF文件中REF和ALT的位置错误？
目录需求描述尝试解决正确解决 需求描述 一个很简单的需求：一批水稻材料的芯片数据（位点少），想看看它们在3K Rice中处于何种亚群和位置。就需要将芯片位点与3K RG位点整合后进行分析。 已知3K Rice位点可从SNP-Seek中下载：https://snp-seek.irri.org/_dow ......
将vcf文件转成孟德尔随机化分析格式
以https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ukb-b-7330/为例: 原始文件形如： 转换代码 library(vcfR) getwd() a_data = read.vcfR('../ukb-b-7330.vcf.gz') str(a_data) head(a_da ......
vcf手机通讯录中文转换工具
手机联系人通讯录可以导出为vcf通讯录文件，也可以把联系人分享到微信。这种vcf文件的内容全是英文字母和数字。 能看见手机号，但是不知道姓名是谁，中文名字全被UTF8加密了。一部分内容如下： BEGIN:VCARDVERSION:2.1N;CHARSET=UTF-8;ENCODING=QUOTED- ......
Python_生成随机通讯录文件.vcf.py
` import random # 定义常量 FIRST_NAMES = ['赵', '钱', '孙', '李', '周', '吴', '郑', '王', '冯', '陈', '褚', '卫', '蒋', '沈', '韩', '杨', '朱', '秦', '尤', '许', &# ......
如何快速简化vcf信息？
[toc] ## 需求描述 vcf是标准的基因型格式文件，其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征，以及每个样本的FORMAT信息，会大大增加vcf文件的大小。一般来说，GATK等软件得到的基因型都会有这些信息，初始变异我们最好保留它们，因为这是过滤位点/样本的依据。但是当我们确定了最 ......
VCF（Variant Call Format）文件简介
VCF（Variant Call Format）文件是一种常用的存储基因组变异信息的文件格式。它是基于文本的格式，用于描述个体或种群的基因组中的单核苷酸变异（SNV）、插入/缺失（Indel）等变异类型。 以下是VCF文件的一般结构和主要字段： 1. 文件元数据（Metadata）：以`##`开头的 ......